当前解析结果
SmilChr05G003795| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003795 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003795 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003795 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 51281246 - 51283966 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131024859 |
|---|---|
| GeneID | 131024859 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024859 |
| 原始查询 | SmilChr05G003795 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ER membrane protein complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830945]; symbol=AT5G10780; hit=AT5G10780; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | ER membrane protein complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830945]; symbol=AT5G10780; hit=AT5G10780; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G10780 (AT5G10780)ER membrane protein complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830945] identity=80; qcov=1; evalue=2.43e-91; confidence=high |
| Rice | Os03g0360500- identity=74; qcov=1.01; evalue=1.31e-77; confidence=high |
| GO | GO:0034975 (protein folding in endoplasmic reticulum); GO:0072546 (EMC complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06417 (EMC4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024859 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057810389.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057810389.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057810389.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810389.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810389.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:51282725 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B125,B18,C63 |
Chr5:51282842 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B55,B78,C74,C8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810389.1PF06417
EMC4 52-164 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810389.1 |
Pfam | PF06417 |
EMC4 | Family | 52 | 164 | 2.1e-38 | 131.6 | ER membrane protein complex subunit 4 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。