Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003795

染色体: Chr05 坐标: 51281246-51283966 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003795
名称SmilChr05G003795
描述uncharacterized SmilChr05G003795
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向51281246 - 51283966 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024859
GeneID131024859
locus_tag-
NCBI NameLOC131024859
原始查询SmilChr05G003795

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ER membrane protein complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830945]; symbol=AT5G10780; hit=AT5G10780; species=arabidopsis; confidence=high
产物ER membrane protein complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830945]; symbol=AT5G10780; hit=AT5G10780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G10780 (AT5G10780)
ER membrane protein complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830945]
identity=80; qcov=1; evalue=2.43e-91; confidence=high
RiceOs03g0360500
-
identity=74; qcov=1.01; evalue=1.31e-77; confidence=high
GOGO:0034975 (protein folding in endoplasmic reticulum); GO:0072546 (EMC complex)
KEGG-
PfamPF06417 (EMC4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024859

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057810389.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057810389.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810389.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810389.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810389.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:51282725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B125,B18,C63
Chr5:51282842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B55,B78,C74,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810389.1
180 aa
N
1
90
180
EMC4
C
PF06417 EMC4 52-164 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810389.1 Pfam PF06417 EMC4 Family 52 164 2.1e-38 131.6 ER membrane protein complex subunit 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954406.1
AACAAATTCTAACAAGAGTTGGAAAAGGTTTAATAGTTGGGCACAACCAAACAGGCCCTTCCGGCAGCAGATCTTTTGATTCACAACCAAAGACGTCTCTTCCGCCGCAGCCGCCATTACAAAATCTATATACAGGAATTCTCAATTCCGAGTTTCTGTGTGTGTGAATTTCTCAACGCGAGCTAGAAAAATTAATCATGGACAAGGGAAAATCAGTGATGGGTTCGGGCCGGCGATGGGCCGTCGGATTCACGGACAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024859
ATGGACAAGGGAAAATCAGTGATGGGTTCGGGCCGGCGATGGGCCGTCGGATTCACGGACAATTCGGCGTCCCCTTCATCGCGTGATATTCCTGATCCGCCCGGCTTCACGCGGGCTTCCCAAGATCAGGATGATTCGGCTGTGAGCAAGCAGAAGAAGGATGCTGAGGCAAATTGGAAAGCCCAGAAAGCATGGGAGGTCGCACAAGCACCCTTTAAGAATTTGATGATGATGGGATTCATGATGTGGATGGCTGGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810389.1
MDKGKSVMGSGRRWAVGFTDNSASPSSRDIPDPPGFTRASQDQDDSAVSKQKKDAEANWKAQKAWEVAQAPFKNLMMMGFMMWMAGSTVHLFSIGITFSALLQPVNALRGVGKMFEPYKDNKVDLLAPKLVFIALNVAALGLGIWKLNTLGLLPTHLSDWVSSLPPPQEVEYSGGGIPLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器