当前解析结果
SmilChr05G003796| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003796 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003796 |
| 描述 | probable steroid-binding protein 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 51292161 - 51293120 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131024860 |
|---|---|
| GeneID | 131024860 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024860 |
| 原始查询 | SmilChr05G003796 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable steroid-binding protein 3 |
| 产物 | probable steroid-binding protein 3 |
| Arabidopsis | AT2G24940 (MAPR2)membrane-associated progesterone binding protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817032] identity=67; qcov=0.746; evalue=2.17e-45; confidence=medium |
| Rice | Os02g0793700 (OsSBP)- identity=69.3; qcov=0.754; evalue=1.26e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0012505 (endomembrane system); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024860 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057810390.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057810390.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810390.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810390.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810390.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:51292599 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 15 | A19,A5,B10,B102,B17,B2,B26,B47,B62,B69,B76,C1,C44,C46,D4 |
Chr5:51292627 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | B108,B22,B36,B7,B8,B82,B91,C11,C15,C19,C30,C34,C52,C69 |
Chr5:51292643 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C18,C30 |
Chr5:51292643 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C18,C30 |
Chr5:51292766 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810390.1PF00173
Cyt-b5 37-125 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810390.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 37 | 125 | 2.6e-12 | 47.3 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。