Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003813`

染色体: Chr05 坐标: 51417935-51422016 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003813`
名称	SmilChr05G003813
描述	nucleoid-associated protein At4g30620, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	51417935 - 51422016 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024878`
GeneID	`131024878`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024878`
原始查询	`SmilChr05G003813`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nucleoid-associated protein At4g30620, chloroplastic-like
产物	nucleoid-associated protein At4g30620%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G30620` (AT4G30620) Putative BCR, YbaB family COG0718 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829185] identity=72.1; qcov=0.873; evalue=1.29e-75; confidence=high
Rice	`Os02g0180200` - identity=62.6; qcov=1; evalue=1.34e-73; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF02575 (YbaB_DNA_bd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024878

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057810410.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057810410.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810410.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810410.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810410.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:51419612`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B13
`Chr5:51419612`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B13
`Chr5:51419614`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B13
`Chr5:51419614`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B13
`Chr5:51420989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B109,B45,B95
`Chr5:51421682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr5:51421726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr5:51421759`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	129	A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A3,A5,A8,B10,B103,B104,B106,B108,B109,B11,B110,B112,B118,B120,B125,B129,B13,B131,B132,B133,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B33,B35,B38,B39,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B54,B55,B56,B59,B60,B62,B63,B66,B69,B71,B73,B76,B78,B80,B83,B84,B87,B88,B89,B9,B91,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C13,C14,C16,C2,C22,C23,C24,C26,C27,C28,C3,C33,C4,C42,C43,C44,C45,C5,C50,C51,C52,C54,C59,C62,C63,C64,C66,C7,C71,C72,C74,C75,C78,C79,C81,C83,C84,C85,C87,D10,D11,D3,D4,D9
`Chr5:51421787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C30
`Chr5:51421793`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	105	A11,A16,A2,A23,A25,B10,B100,B101,B111,B117,B118,B120,B122,B126,B13,B130,B131,B135,B136,B137,B14,B16,B20,B21,B29,B30,B31,B33,B34,B38,B39,B41,B45,B46,B51,B52,B53,B55,B58,B6,B60,B63,B64,B65,B68,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B86,B9,B93,B94,B97,B98,C16,C17,C19,C20,C21,C23,C25,C29,C31,C32,C34,C35,C36,C38,C39,C41,C45,C46,C47,C48,C53,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C67,C68,C70,C72,C73,C74,C76,C79,C8,C80,C85,C9,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810410.1

191 aa

191

YbaB_DNA_bd

PF02575 YbaB_DNA_bd 78-166 aa

XP_057810411.1

189 aa

189

YbaB_DNA_bd

PF02575 YbaB_DNA_bd 78-173 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810410.1`	Pfam	`PF02575`	YbaB_DNA_bd	Domain	78	166	2.6e-16	60.2	YbaB/EbfC DNA-binding family
`XP_057810411.1`	Pfam	`PF02575`	YbaB_DNA_bd	Domain	78	173	3.5e-19	69.4	YbaB/EbfC DNA-binding family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954428.1
TTAAGATATGATGGGTCAATTCGGAATATTCTAAATGTTCAAAGAATTCATAGGGCAATGCTATCTAATTGGGGGAAATTTCTTAAAGAAACAAACGAGAATATTTTTCTTTCAGAACCCTCCAAAAATCTTCCGACCTGCCAATTTCTTCCAGAAACCTTGAATTCAATTGTATTTTTAGATAACTCAAAGATATGGCGATATCTCCTACTGCAGCTCTCGCTGCTCAATTTCCCTCTTCTTCTTCATTCTCTTCGTGT...

XM_057954427.1
AAGAATTCATAGGGCAATGCTATCTAATTGGGGGAAATTTCTTAAAGAAACAAACGAGAATATTTTTCTTTCAGAACCCTCCAAAAATCTTCCGACCTGCCAATTTCTTCCAGAAACCTTGAATTCAATTGTATTTTTAGATAACTCAAAGATATGGCGATATCTCCTACTGCAGCTCTCGCTGCTCAATTTCCCTCTTCTTCTTCATTCTCTTCGTGTAAGAGGCACCCAAACTCCAATATTGTTAATTTTCCAAGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131024878
ATGGCGATATCTCCTACTGCAGCTCTCGCTGCTCAATTTCCCTCTTCTTCTTCATTCTCTTCGTGTAAGAGGCACCCAAACTCCAATATTGTTAATTTTCCAAGTTTGTTAAGTCAAGGAAGTCAAACTGGGAGGGCTAGAAGATCTCTTAGCGTGCATGGATTATTTGGTGGGAAGAAGGATAACAATGACAAGAGTGATGAAGGTTCGAAGGCAGGGTTTATGGGAAATATGCAAAATTTATACGAAACGGTAAAGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810410.1
MAISPTAALAAQFPSSSSFSSCKRHPNSNIVNFPSLLSQGSQTGRARRSLSVHGLFGGKKDNNDKSDEGSKAGFMGNMQNLYETVKKAQMVVQVEAVRVQKELAAAEFDGYCQDELIKVTLSGNQQPVRIEITDAAMELGAEKLSLLVTEAYKDAHQKSVEVRRAQTRMSCFSRPVLCSSLHVCLRLSCRP

XP_057810411.1
MAISPTAALAAQFPSSSSFSSCKRHPNSNIVNFPSLLSQGSQTGRARRSLSVHGLFGGKKDNNDKSDEGSKAGFMGNMQNLYETVKKAQMVVQVEAVRVQKELAAAEFDGYCQDELIKVTLSGNQQPVRIEITDAAMELGAEKLSLLVTEAYKDAHQKSVEAMKERMSNLAQSLGMPGGMPQGLGDSLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器