当前解析结果
SmilChr05G003833| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003833 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003833 |
| 描述 | formin-like protein 20 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 51756627 - 51759971 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131024961 |
|---|---|
| GeneID | 131024961 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024961 |
| 原始查询 | SmilChr05G003833 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 20 |
| 产物 | formin-like protein 20 |
| Arabidopsis | AT5G21280 (AT5G21280)hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832258] identity=38.3; qcov=1.16; evalue=6.13e-34; confidence=medium |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30938 (ATR7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024961 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057810534.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810534.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810534.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810534.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057810534.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:51756937 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B139,B49,B54,B60,C4,C63,C71 |
Chr5:51757052 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr5:51757182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B86,C29 |
Chr5:51757216 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B42,B43,B99,C87 |
Chr5:51757227 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr5:51757299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B119,B87 |
Chr5:51757356 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B11 |
Chr5:51757356 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr5:51757614 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810534.1PF30938
ATR7 13-189 aa
PF30938
ATR7 201-273 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810534.1 |
Pfam | PF30938 |
ATR7 | Family | 13 | 189 | 1.7e-68 | 232.3 | AAL-toxin resistant protein 7 |
XP_057810534.1 |
Pfam | PF30938 |
ATR7 | Family | 201 | 273 | 1.7e-68 | 232.3 | AAL-toxin resistant protein 7 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。