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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003846

染色体: Chr05 坐标: 51903763-51906662 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003846
名称SmilChr05G003846
描述acyl-protein thioesterase 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向51903763 - 51906662 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024962
GeneID131024962
locus_tag-
NCBI NameLOC131024962
原始查询SmilChr05G003846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl-protein thioesterase 1-like
产物acyl-protein thioesterase 1-like
ArabidopsisAT5G20060 (AT5G20060)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832128]
identity=47.9; qcov=0.916; evalue=4.14e-69; confidence=high
RiceOs01g0175000
-
identity=49.5; qcov=0.895; evalue=5.59e-70; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGGsmil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02230 (Abhydrolase_2); PF03959 (FSH1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024962

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057810535.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810535.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057810535.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810535.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810535.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:51904064 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 11 A13,B10,B112,B115,B16,B28,B74,B78,C17,C9,D4
Chr5:51904341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr5:51904345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr5:51904411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr5:51904513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr5:51904546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:51904552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B82
Chr5:51904632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B24
Chr5:51904807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:51905047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810535.1
255 aa
N
1
128
255
Abhydrolase_2
FSH1
C
PF02230 Abhydrolase_2 23-247 aa PF03959 FSH1 33-206 aa
XP_057810536.1
255 aa
N
1
128
255
Abhydrolase_2
FSH1
C
PF02230 Abhydrolase_2 23-247 aa PF03959 FSH1 33-206 aa
XP_057810537.1
237 aa
N
1
118
237
Abhydrolase_2
FSH1
C
PF02230 Abhydrolase_2 23-230 aa PF03959 FSH1 33-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810535.1 Pfam PF02230 Abhydrolase_2 Domain 23 247 2.9e-31 109.7 Phospholipase/Carboxylesterase
XP_057810535.1 Pfam PF03959 FSH1 Domain 33 206 2.4e-06 28.1 Serine hydrolase (FSH1)
XP_057810536.1 Pfam PF02230 Abhydrolase_2 Domain 23 247 2.9e-31 109.7 Phospholipase/Carboxylesterase
XP_057810536.1 Pfam PF03959 FSH1 Domain 33 206 2.4e-06 28.1 Serine hydrolase (FSH1)
XP_057810537.1 Pfam PF02230 Abhydrolase_2 Domain 23 230 2e-27 97.2 Phospholipase/Carboxylesterase
XP_057810537.1 Pfam PF03959 FSH1 Domain 33 207 1.9e-06 28.5 Serine hydrolase (FSH1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954554.1
TTTCCACTTCCAACACCAAAAACCTCTCTCTCTCGATTTCAGGTGATTCTGCATTGCCACTTTTTTGGGTTGCTTTCAGCTCTACGACTCTAGAAAACGCCAGGGGAAATCTTATCATTAGTATCAAGATATGGCTACCTCTAGCTCTCCAAGGGGCCGACAAAACTATGCAACGGCATTGCAGTTTGGACCAACTCATGTTAAAATGCCAAAAGGGAGACACCAGGCAACAATAGTATGGCTACATGGCCTTGGTGATA...
XM_057954553.1
TTTCCACTTCCAACACCAAAAACCTCTCTCTCTCGATTTCAGGTGATTCTGCATTGCCACTTTTTTGGGTTGCTTTCAGCTCTACGACTCTAGAAAACGCCAGGGGAAATCTTATCATTAGTATCAAGATATGGCTACCTCTAGCTCTCCAAGGGGCCGACAAAACTATGCAACGGCATTGCAGTTTGGACCAACTCATGTTAAAATGCCAAAAGGGAGACACCAGGCAACAATAGTATGGCTACATGGCCTTGGTGATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131024962
ATGGCTACCTCTAGCTCTCCAAGGGGCCGACAAAACTATGCAACGGCATTGCAGTTTGGACCAACTCATGTTAAAATGCCAAAAGGGAGACACCAGGCAACAATAGTATGGCTACATGGCCTTGGTGATAGCGGTTCTATATGGGCAGAGATCTTGGGAAGCTTTCCTGTTCACAATGTGAAGTGGATCTGCCCTACTGCCCCTACTCGCCCCGTTCCTATATTTGCTAGACTTCCTGGTCGCGCTTGGTTTGATCCAAG...
LOC131024962
ATGGCTACCTCTAGCTCTCCAAGGGGCCGACAAAACTATGCAACGGCATTGCAGTTTGGACCAACTCATGTTAAAATGCCAAAAGGGAGACACCAGGCAACAATAGTATGGCTACATGGCCTTGGTGATAGCGGTTCTATATGGGCAGAGATCTTGGGAAGCTTTCCTGTTCACAATGTGAAGTGGATCTGCCCTACTGCCCCTACTCGCCCCGTTCCTATATTTGCTAGACTTCCTGGTCGCGCTTGGTTTGATCCAAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057810535.1
MATSSSPRGRQNYATALQFGPTHVKMPKGRHQATIVWLHGLGDSGSIWAEILGSFPVHNVKWICPTAPTRPVPIFARLPGRAWFDPRDVSEEDTSPDSQGLNETAALIAQIFSREPCDVKLGIGGFSIGAAAALYAATHYILGEDGSRLQFLENLSSVIVLSGWLPFYKSLRRKMDGSSLSNVLHVKQLHVFLGHGTEDEVVSFEHGEKSACILHSAGFQNLTWTRFEGLCHDTCGAEMLEMCSWLNEALKLQGW
XP_057810536.1
MATSSSPRGRQNYATALQFGPTHVKMPKGRHQATIVWLHGLGDSGSIWAEILGSFPVHNVKWICPTAPTRPVPIFARLPGRAWFDPRDVSEEDTSPDSQGLNETAALIAQIFSREPCDVKLGIGGFSIGAAAALYAATHYILGEDGSRLQFLENLSSVIVLSGWLPFYKSLRRKMDGSSLSNVLHVKQLHVFLGHGTEDEVVSFEHGEKSACILHSAGFQNLTWTRFEGLCHDTCGAEMLEMCSWLNEALKLQGW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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