Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003874`

染色体: Chr05 坐标: 52335240-52337644 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003874`
名称	SmilChr05G003874
描述	CRS2-associated factor 2, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	52335240 - 52337644 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024946`
GeneID	`131024946`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024946`
原始查询	`SmilChr05G003874`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CRS2-associated factor 2, mitochondrial-like
产物	CRS2-associated factor 2%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT5G54890` (AT5G54890) RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835580] identity=70.2; qcov=0.889; evalue=1.03e-165; confidence=high
Rice	`Os08g0188000` - identity=76.9; qcov=0.772; evalue=2.76e-157; confidence=high
GO	GO:0000373 (Group II intron splicing); GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF01985 (CRS1_YhbY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024946

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057810505.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057810505.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810505.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810505.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810505.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:52335424`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr5:52335429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,C19,C41
`Chr5:52335465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:52335475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,C85
`Chr5:52335523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A19,A23,A8,B1,B100,B106,B110,B120,B14,B2,B35,B41,B45,B76,B88,B9,B94,B99,C10,C29,C50,C63,C72,C73,C8,D2,D5,D7
`Chr5:52335558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr5:52335651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr5:52335737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,C21,C54
`Chr5:52335795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B87,D9
`Chr5:52335826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr5:52336744`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr5:52337101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810505.1

359 aa

180

359

CRS1_YhbY

PF01985 CRS1_YhbY 153-235 aa PF01985 CRS1_YhbY 270-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810505.1`	Pfam	`PF01985`	CRS1_YhbY	Domain	153	235	1.3e-29	103.1	CRS1 / YhbY (CRM) domain
`XP_057810505.1`	Pfam	`PF01985`	CRS1_YhbY	Domain	270	353	1.3e-29	103.1	CRS1 / YhbY (CRM) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954522.1
CCGCAACTTTGCGGCACCTCATCGATGTAACAAATAGGAGTTTGGGGTGTCTAAGTTTTCTGCAAAGCACATAAGCTTAGGCATGTCGAAGCTATTTTCATGGCGTCGCGCAATCCATCCTTCTCCTTCCTTATTCTCTCACATTCCCGCCATATCTCGGTTCCTCAGCCACTCTCCGCCATCTGCAGTGGCTGAATTCGAAGAAATTTACGACCCTCCTTTTTCCCCCACACGTCCCCCAAAGAGAAAAAAATCCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024946
ATGTCGAAGCTATTTTCATGGCGTCGCGCAATCCATCCTTCTCCTTCCTTATTCTCTCACATTCCCGCCATATCTCGGTTCCTCAGCCACTCTCCGCCATCTGCAGTGGCTGAATTCGAAGAAATTTACGACCCTCCTTTTTCCCCCACACGTCCCCCAAAGAGAAAAAAATCCAAATCCATTAAAAAGAAAGAGAAGCAACGAAAAGATAATAGTAACAACAATAATAGCGTTGAGAAAGTTCCTGAGTTGCCCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810505.1
MSKLFSWRRAIHPSPSLFSHIPAISRFLSHSPPSAVAEFEEIYDPPFSPTRPPKRKKSKSIKKKEKQRKDNSNNNNSVEKVPELPFDFMYSYSEMSPGVEPIGFREPPKFSPFGPGRLDRKWTGTTAPAKLKPDWEKLAEERQKVLGDPIPEDEIAELVEKYRHSICSRQINLGRGGVTHNTLEDIHSHWKRAEAVRIKCLGVPTLDMDNICFHLEDKTGGKIIYRYINILLLYRGRNYDPKQRPQIPLMLWKPYAPIYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器