Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003875

染色体: Chr05 坐标: 52338812-52342462 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003875
名称SmilChr05G003875
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g25630-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向52338812 - 52342462 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024916
GeneID131024916
locus_tag-
NCBI NameLOC131024916
原始查询SmilChr05G003875

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g25630-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g25630-like
ArabidopsisAT5G25630 (AT5G25630)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832639]
identity=54; qcov=0.924; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0228400
-
identity=52.7; qcov=0.733; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057810459.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057810459.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057810459.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810459.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810459.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:52339178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C40
Chr5:52339451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B112,B135,B28,B53
Chr5:52339612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:52339649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B129,C27,C28
Chr5:52340505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B28,B68,B81,C63
Chr5:52340596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr5:52340800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr5:52341095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A24,B71,D5
Chr5:52341113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B94,C16,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810459.1
629 aa
N
1
314
629
PPR_long
PPR_3
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
C
PF17177 PPR_long 85-186 aa PF13812 PPR_3 89-147 aa PF23276 TPR_24 123-178 aa PF13812 PPR_3 123-183 aa PF13041 PPR_2 135-182 aa PF01535 PPR 138-168 aa PF13812 PPR_3 159-220 aa PF12854 PPR_1 167-198 aa PF13041 PPR_2 170-220 aa PF01535 PPR 173-200 aa PF23276 TPR_24 175-262 aa PF13812 PPR_3 202-255 aa PF12854 PPR_1 205-234 aa PF13041 PPR_2 206-251 aa PF01535 PPR 210-239 aa PF13812 PPR_3 230-288 aa PF13041 PPR_2 241-290 aa PF01535 PPR 244-274 aa PF13812 PPR_3 265-322 aa PF12854 PPR_1 272-305 aa PF01535 PPR 280-309 aa PF13041 PPR_2 280-323 aa PF17177 PPR_long 301-431 aa PF13812 PPR_3 302-358 aa PF13041 PPR_2 311-357 aa PF13041 PPR_2 346-394 aa PF01535 PPR 349-379 aa PF13812 PPR_3 370-425 aa PF01535 PPR 385-414 aa PF17177 PPR_long 402-503 aa PF13812 PPR_3 405-464 aa PF12854 PPR_1 413-445 aa PF13041 PPR_2 417-464 aa PF01535 PPR 419-449 aa PF01535 PPR 455-483 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810459.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 85 186 8.1e-39 133.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 89 147 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 123 178 1.5e-30 106.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 123 183 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 135 182 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 138 168 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 159 220 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 167 198 1.2e-78 259.2 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 170 220 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 173 200 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 175 262 1.5e-30 106.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 202 255 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 205 234 1.2e-78 259.2 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 206 251 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 210 239 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 230 288 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 241 290 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 274 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 265 322 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 272 305 1.2e-78 259.2 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 280 309 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 280 323 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 301 431 8.1e-39 133.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 302 358 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 357 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 346 394 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 349 379 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 370 425 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 385 414 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 402 503 8.1e-39 133.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057810459.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 405 464 8e-81 266.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810459.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 413 445 1.2e-78 259.2 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 417 464 1.4e-104 342.8 PPR repeat family
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 419 449 1.6e-71 232.4 PPR repeat
XP_057810459.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 455 483 1.6e-71 232.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954476.1
AGGAATACGCAATATCCTCATTTTGTTTGCGTGTTTTTTTCTGCAGCCCCTTATCTCCTAATATTCCCAGTTCAAATTGCATCGATAAACATGTGGATAAGATTTATTTATTTTTAGTTTTTTCTTTCTCGCAGGAATGTTGGAATCCACACGCTATAAATTTATCTTTTTTCCGCTGATTTTTAATCTCATCGAACATTTGCATGGAACGATAGCCAGAATGTTCAGTATCACAAGGAACCAAAACTGGAATGTTTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024916
ATGATGGGTTATGTGGAGAAATTTGATAAAGAGAAGGCCAATATTGAGATAAGCAGCACAAAACAAGGCAGCAATTTAGACAAACAAGTTCAAGAGCTTCCCATAAATGATAGGTCTCTTGATGAGAAATTACAGTTTCAGCCAATGCCCGGATCGACTCCTTGCACCATCTGCACGAGCGGGGAGAGTTGTAAAATTGTTCGTTCGAGGACCAAGTTGATGAACATTTTGTTGGAACGAGGGAAGCCGCAGGAAGTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810459.1
MMGYVEKFDKEKANIEISSTKQGSNLDKQVQELPINDRSLDEKLQFQPMPGSTPCTICTSGESCKIVRSRTKLMNILLERGKPQEVQSVFNNLIQGGHKPSLVTYTTLLASLTVQKRFDHIHSIISEVQKNGMEPDPVFFNAVVNAFSESGDMDGAMRMLSKMKDHGIKPTTSTYNTLIKGYGIAGKPEESLKIMEFMSREENTKPNVRTYNVLVRAWCNRKNVEEAWDVVSKMLASGIQPDAVTYNTLVTSYVQNKQTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器