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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003885

染色体: Chr05 坐标: 52600960-52603911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003885
名称SmilChr05G003885
描述uncharacterized SmilChr05G003885
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向52600960 - 52603911 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026104
GeneID131026104
locus_tag-
NCBI NameLOC131026104
原始查询SmilChr05G003885

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026104

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057811859.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057811859.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057811859.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057811859.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811859.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:52601110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C31,C69
Chr5:52601165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:52601178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C31,C69
Chr5:52601185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr5:52601233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B138,B58,C80
Chr5:52601253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,D3
Chr5:52601281 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B38,B39
Chr5:52601281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:52601297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,C8,D3,D6
Chr5:52601302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B136,C1
Chr5:52601326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:52601342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955876.1
ATGCCCTGCGATTTCACACCACTCATCCTCGATGTGGTGTCGGAATCGAAGCCTTCTCCATTTCACGAGGCCTGCAACCCCCTTTCGCCACCGTTCGCCGCTGATTCCATCGATCTGACATCCGTCGTGATGAAGAAGCATAGCTCCTCCGTGTCGCCGGCATCTCCGGTGTCTCGGCCCTCTCTGAGCGGAGTTCTATCCCCTCGGCCCTCCTCCCAGGAAACCCTAATCGAAGGGGCTTTGTTCTCGGCTGACGCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026104
ATGCCCTGCGATTTCACACCACTCATCCTCGATGTGGTGTCGGAATCGAAGCCTTCTCCATTTCACGAGGCCTGCAACCCCCTTTCGCCACCGTTCGCCGCTGATTCCATCGATCTGACATCCGTCGTGATGAAGAAGCATAGCTCCTCCGTGTCGCCGGCATCTCCGGTGTCTCGGCCCTCTCTGAGCGGAGTTCTATCCCCTCGGCCCTCCTCCCAGGAAACCCTAATCGAAGGGGCTTTGTTCTCGGCTGACGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811859.1
MPCDFTPLILDVVSESKPSPFHEACNPLSPPFAADSIDLTSVVMKKHSSSVSPASPVSRPSLSGVLSPRPSSQETLIEGALFSADADSTDPVPFSDTPVNSSQETLIQGALLSVPVDSTDLVPSSDAPASPVSVKPLSHYLVPPLTEHFYEEALLEGLETEDLYRMVVADTLSPWSDVEFGAEPETEGWTAVQETEPTPVTKPTITSMIMMRTLLPDFFNLPTDETPSVSKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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