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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003910

染色体: Chr05 坐标: 52825024-52831378 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003910
名称SmilChr05G003910
描述transcription factor MYB3R-1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向52825024 - 52831378 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024898
GeneID131024898
locus_tag-
NCBI NameLOC131024898
原始查询SmilChr05G003910

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB3R-1-like
产物transcription factor MYB3R-1-like
ArabidopsisAT4G32730 (PC-MYB1)
Homeodomain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829409]
identity=43.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
RiceOs12g0238000 (OsMYB3R-1)
-
identity=46; qcov=0.669; evalue=5.15e-163; confidence=high
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024898

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810429.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057810429.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057810429.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810429.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:52825240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C4
Chr5:52825267 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 108 A11,A16,A18,A2,A21,A22,A23,A3,A5,A7,A9,B102,B103,B106,B108,B112,B113,B114,B115,B117,B12,B123,B124,B126,B127,B13,B130,B133,B137,B139,B14,B140,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B26,B28,B30,B33,B35,B36,B38,B41,B43,B44,B51,B53,B58,B59,B6,B62,B66,B67,B68,B7,B74,B77,B78,B82,B84,B87,B88,B91,B94,B95,B96,C14,C2,C20,C24,C27,C32,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C43,C44,C47,C49,C51,C52,C54,C57,C58,C6,C63,C64,C65,C66,C7,C72,C77,C78,C80,C82,C9,D1,D2,D5,D6
Chr5:52825272 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 106 A11,A16,A18,A2,A21,A22,A23,A3,A5,A7,A9,B102,B103,B106,B108,B112,B113,B114,B115,B117,B12,B123,B126,B127,B13,B130,B133,B137,B14,B140,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B26,B28,B30,B33,B35,B36,B38,B41,B43,B44,B51,B53,B58,B59,B6,B62,B66,B67,B68,B7,B74,B77,B78,B82,B84,B87,B88,B91,B94,B95,B96,C2,C20,C24,C27,C32,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C43,C44,C47,C48,C49,C51,C52,C54,C57,C58,C6,C63,C64,C65,C66,C7,C72,C77,C78,C80,C82,C9,D1,D2,D5,D6
Chr5:52825317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr5:52825325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr5:52825658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,C61,C70,C80
Chr5:52825780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B55,B78,C12,C71,C75
Chr5:52825786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr5:52826094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr5:52826153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:52826777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr5:52826834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810429.1
1017 aa
N
1
508
1017
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 38-84 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 41-99 aa PF00249 Myb_DNA-binding 90-136 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 93-152 aa PF00249 Myb_DNA-binding 142-185 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 145-190 aa
XP_057810430.1
1017 aa
N
1
508
1017
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 38-84 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 41-99 aa PF00249 Myb_DNA-binding 90-136 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 93-152 aa PF00249 Myb_DNA-binding 142-185 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 145-190 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810429.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 38 84 1.7e-52 176.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810429.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 41 99 1.6e-40 137.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810429.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 90 136 1.7e-52 176.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810429.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 93 152 1.6e-40 137.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810429.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 142 185 1.7e-52 176.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810429.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 145 190 1.6e-40 137.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810430.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 38 84 1.7e-52 176.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810430.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 41 99 1.6e-40 137.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810430.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 90 136 1.7e-52 176.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810430.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 93 152 1.6e-40 137.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810430.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 142 185 1.7e-52 176.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057810430.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 145 190 1.6e-40 137.8 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954446.1
TGAATTCTTTGGACCGTTTTTTTTATTGGGTTTCACTCTCTCTCTCTAAAACACACACTTCACGCACTAGTTATCGCAGAAAACACACTACTCGTCTTCCCAAATTTCACCGAGAATTAGCGGATCCTTCCTCTCTTTCTGATTCTATTGGATGCGTGGATGTGTATGAATTTTCTGTTGGATCTGCGAGTGATCGGGTGGAATTTGGGTGTTTCTGCAGTTGGATTGAAATTCGTTGAGCTCGGTTCGCTACTGATTCA...
XM_057954447.1
GAATTCTTTGGACCGTTTTTTTTATTGGGTTTCACTCTCTCTCTCTAAAACACACACTTCACGCACTAGTTATCGCAGAAAACACACTACTCGTCTTCCCAAATTTCACCGAGAATTAGCGGATCCTTCCTCTCTTTCTGATTCTATTGGATGCGTGGATGTGTATGAATTTTCTGTTGGATCTGCGAGTGATCGGGTGGAATTTGGGTGTTTCTGCAGTTGGATTGAAATTCGTTGAGCTCGGTTCGTGGCCCATCAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024898
ATGGAAACTGATAGGACAGGCAACAATAACCCTTCAGATGTTGCAAAAAATGGTCTGCAAAGAGCTCGACCTTTACATGGGAGAACGAGTGGCCCAACACGGCGTTCGACGAAGGGACAATGGACTGCAGAAGAGGATGAGATATTGCGAATGGCTGTTCAACGCTTCAAAGGAAAAAATTGGAAGAAGATAGCGGAGTGTTTCAAGGACCGAACAGATGTTCAGTGCCTGCATAGGTGGCAGAAAGTTCTTAATCCAGA...
LOC131024898
ATGGAAACTGATAGGACAGGCAACAATAACCCTTCAGATGTTGCAAAAAATGGTCTGCAAAGAGCTCGACCTTTACATGGGAGAACGAGTGGCCCAACACGGCGTTCGACGAAGGGACAATGGACTGCAGAAGAGGATGAGATATTGCGAATGGCTGTTCAACGCTTCAAAGGAAAAAATTGGAAGAAGATAGCGGAGTGTTTCAAGGACCGAACAGATGTTCAGTGCCTGCATAGGTGGCAGAAAGTTCTTAATCCAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810429.1
METDRTGNNNPSDVAKNGLQRARPLHGRTSGPTRRSTKGQWTAEEDEILRMAVQRFKGKNWKKIAECFKDRTDVQCLHRWQKVLNPELVKGPWSKEEDEVIIELVNKYGPKKWSTIANHLPGRIGKQCRERWHNHLNPNINKEAWTQDEELTLIRAHQIYGNKWAELTKFLPGRTDNSIKNHWNSSVKKKLDMYLASGLLSQFQGLPLPNQSEASSSSKAQQSSEDNSIVRGGIEAEEASECSQGSNIATISRTTSNTTV...
XP_057810430.1
METDRTGNNNPSDVAKNGLQRARPLHGRTSGPTRRSTKGQWTAEEDEILRMAVQRFKGKNWKKIAECFKDRTDVQCLHRWQKVLNPELVKGPWSKEEDEVIIELVNKYGPKKWSTIANHLPGRIGKQCRERWHNHLNPNINKEAWTQDEELTLIRAHQIYGNKWAELTKFLPGRTDNSIKNHWNSSVKKKLDMYLASGLLSQFQGLPLPNQSEASSSSKAQQSSEDNSIVRGGIEAEEASECSQGSNIATISRTTSNTTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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