Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003914`

染色体: Chr05 坐标: 52859577-52860170 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003914`
名称	SmilChr05G003914
描述	uncharacterized SmilChr05G003914
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	52859577 - 52860170 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026106`
GeneID	`131026106`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026106`
原始查询	`SmilChr05G003914`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=29.8; qcov=0.614; evalue=1.05e-06; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=31.7; qcov=0.624; evalue=3.81e-11; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026106

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811861.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057811861.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057811861.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811861.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811861.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:52859586`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B85,D4
`Chr5:52859586`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,D4
`Chr5:52859611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr5:52859615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B22,B80
`Chr5:52859655`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B64,C18,C63,C83
`Chr5:52859698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:52859711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C1,C52,C59
`Chr5:52859717`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C8
`Chr5:52859751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B78,C80,C81,D4
`Chr5:52859756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B49,B87,C27,C30,D6
`Chr5:52859777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	73	A19,A20,A22,A24,A3,A5,B10,B100,B114,B117,B126,B128,B132,B133,B135,B137,B138,B15,B16,B18,B22,B23,B25,B41,B45,B46,B49,B50,B51,B52,B54,B56,B57,B6,B77,B79,B80,B81,B86,B87,B88,B90,B92,B93,B96,C15,C16,C20,C22,C24,C31,C38,C39,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C51,C55,C56,C60,C61,C7,C75,C76,C8,C82,C83,C85,D4,D9
`Chr5:52859823`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811861.1

197 aa

197

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 57-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811861.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	57	150	2.1e-18	67.5	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955878.1
ATGGGGGAGTGGGTGGAAGGGATTTGGGAATGGAAACTGGAATGGGTTAGAGAATTGAGGGAAAGAGATCTCTTTCATGTTAATGAACTTCTTTCTTTGATCGACAATGTCTCTTTGACTCCAGGTAAGATTGACGGGTGGAAGTGGAAAGCATCCCCAAACAGTTCTTTCTCGGTCAATTCCGCCTATAAAGTGATGTGCAGGGATTCAAGATCAAAGACACAGTCAAACAAAGGACTGGAATTCCAATACATTTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026106
ATGGGGGAGTGGGTGGAAGGGATTTGGGAATGGAAACTGGAATGGGTTAGAGAATTGAGGGAAAGAGATCTCTTTCATGTTAATGAACTTCTTTCTTTGATCGACAATGTCTCTTTGACTCCAGGTAAGATTGACGGGTGGAAGTGGAAAGCATCCCCAAACAGTTCTTTCTCGGTCAATTCCGCCTATAAAGTGATGTGCAGGGATTCAAGATCAAAGACACAGTCAAACAAAGGACTGGAATTCCAATACATTTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811861.1
MGEWVEGIWEWKLEWVRELRERDLFHVNELLSLIDNVSLTPGKIDGWKWKASPNSSFSVNSAYKVMCRDSRSKTQSNKGLEFQYIWKAAAPHKAKFSAWRILKDRMATCENLIRRQVSIPNAESICVFCRSQQEDTNHLFFICQRTSEAWYDILSWLGLQAVLPSSAKDHFLAFTSLGNKRDTKLLRNVWICMVWCI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器