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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003932

染色体: Chr05 坐标: 53086270-53087226 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003932
名称SmilChr05G003932
描述protein SPIRAL1-like 5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向53086270 - 53087226 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025004
GeneID131025004
locus_tag-
NCBI NameLOC131025004
原始查询SmilChr05G003932

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SPIRAL1-like 5
产物protein SPIRAL1-like 5
ArabidopsisAT1G69230 (SP1L2)
SPIRAL1-like2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843254]
identity=48.1; qcov=1.1; evalue=1.16e-20; confidence=low
RiceOs11g0629400
-
identity=69.4; qcov=0.375; evalue=2.43e-10; confidence=low
GOGO:0010005 (cortical microtubule, transverse to long axis); GO:0043622 (cortical microtubule organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025004

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057810585.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057810585.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057810585.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810585.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810585.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:53086529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr5:53086582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,B86,C29
Chr5:53086892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954602.1
GGGTGGTTGAAATGCTATTAATTAAGAAACAGAAATATTTATCAAAAAACATCACTTTTAATTTGAAGTATAATACTTCCCTTTTCTCTCTATATAGCCTGATCAAACACACACACACACAAATTAAGTGAGTAAAAGCAAAGCATAAGAAATCTCTCAAACTTGAAGAATATGAAAAGAGGTGAAAGCGCTGGGGGTGGTCAGAGTTCGTTAGGCTATCTCTTTGGTTCCAACACTAAGGAGAAAATCGAGGCGGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025004
ATGAAAAGAGGTGAAAGCGCTGGGGGTGGTCAGAGTTCGTTAGGCTATCTCTTTGGTTCCAACACTAAGGAGAAAATCGAGGCGGCGCCACCATCTCCGACTACTTTTATGCCGCCTTACGGCATCGATACCGGAGACGACGTCGGCAAGCCACCGGAAACCCTCGACAAAACCAAAAGGGTCCATGCCCAAAATTCTGGAATCTTCATCACTGGTCGACCTTCGACTAAGGTTTCGTCTCCGCCGGGCGGAGGCTCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810585.1
MKRGESAGGGQSSLGYLFGSNTKEKIEAAPPSPTTFMPPYGIDTGDDVGKPPETLDKTKRVHAQNSGIFITGRPSTKVSSPPGGGSSLGYLFGDKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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