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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003935

染色体: Chr05 坐标: 53108462-53110877 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003935
名称SmilChr05G003935
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向53108462 - 53110877 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024910
GeneID131024910
locus_tag-
NCBI NameLOC131024910
原始查询SmilChr05G003935

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT3G53360 (AT3G53360)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824504]
identity=32.8; qcov=0.973; evalue=6.93e-114; confidence=low
RiceOs02g0680500
-
identity=48; qcov=0.537; evalue=1.54e-120; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057810449.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057810449.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810449.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810449.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810449.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:53108583 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 4 A24,B124,B80,C78
Chr5:53108583 C CT 1bp_insertion CDS_variant 4 A24,B124,B80,C78
Chr5:53108619 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 13 B22,B23,B36,B44,B45,B77,B82,B83,B87,C15,C3,C52,C84
Chr5:53108818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B24
Chr5:53109280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,C58,C87
Chr5:53109281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:53109284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:53109473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C29
Chr5:53109582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,C58,C87
Chr5:53109616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:53109803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C77
Chr5:53109807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810449.1
698 aa
N
1
349
698
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 78-102 aa PF13041 PPR_2 104-150 aa PF01535 PPR 106-132 aa PF01535 PPR 178-204 aa PF01535 PPR 206-236 aa PF01535 PPR 279-300 aa PF01535 PPR 351-377 aa PF13041 PPR_2 376-424 aa PF01535 PPR 379-409 aa PF01535 PPR 453-477 aa PF01535 PPR 482-510 aa PF01535 PPR 517-545 aa PF01535 PPR 555-579 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 78 102 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 104 150 1.2e-61 205.4 PPR repeat family
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 106 132 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 204 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 206 236 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 279 300 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 377 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 376 424 1.2e-61 205.4 PPR repeat family
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 379 409 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 453 477 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 482 510 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 517 545 9.5e-67 217.4 PPR repeat
XP_057810449.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 555 579 9.5e-67 217.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954466.1
TTTTTGCTTTTTCATTCTAAAAAAAATGATTGAGCGAAAGACACTCTCACGAATCTTTATCTGGGCCGTCTTCAAAGTTTGAAACATGTTATCTGTGCAATCACCACTCCAAAAATGAAGTCTTTGCATTTGAATTCTCCCACATTAATATCACCATCTCTCGCAAACACTCCAAATCCCAAAATCAGCCGCTCATTCCCTCAACATTCCTCACCGCCGGAAAACATTTTCTCAGACCAACTTCTTTCACTGCGTAGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024910
ATGAAGTCTTTGCATTTGAATTCTCCCACATTAATATCACCATCTCTCGCAAACACTCCAAATCCCAAAATCAGCCGCTCATTCCCTCAACATTCCTCACCGCCGGAAAACATTTTCTCAGACCAACTTCTTTCACTGCGTAGATGCGTCCAAACCCAAGACCTCAAAACGGGATCTTCCCTTCACGCCACAATTCTCAAATCAGGGCTCGAAGCCGATGTTTTCATCGCCAATTCATTACTCAACATGTACTCAAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810449.1
MKSLHLNSPTLISPSLANTPNPKISRSFPQHSSPPENIFSDQLLSLRRCVQTQDLKTGSSLHATILKSGLEADVFIANSLLNMYSKCDCVHHARNVFDQMPHRTVVSWTAMMSAYHRSSLPDEAMSLFSRMPAHLNPNEFTLAVLLQACALRGDVNLVEAVHSHAIRSGLASDSFLQNCLIDAYAKAGMLTAAEKLLLRLCRRDVVSWTCVVSGCVKCGEAERGLSLFCRMQEDGVAPSEIAMVTALQACSEIGNGRIMG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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