Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003944`

染色体: Chr05 坐标: 53200287-53202113 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003944`
名称	SmilChr05G003944
描述	monodehydroascorbate reductase 5, chlorplastic-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	53200287 - 53202113 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024976`
GeneID	`131024976`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024976`
原始查询	`SmilChr05G003944`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	monodehydroascorbate reductase 5, chlorplastic-like
产物	monodehydroascorbate reductase 5%2C chlorplastic-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016651 (oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H)
KEGG	-
Pfam	PF00070 (Pyr_redox); PF07992 (Pyr_redox_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024976

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057810553.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057810553.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057810551.1`
4	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057810551.1`
5	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057810552.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:53200825`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	A23,B104,B115,B40,B42,B43,B48,C33,C86,D10
`Chr5:53200984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:53200991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:53201019`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	24	A20,A21,A9,B101,B106,B109,B125,B13,B4,B6,B66,B68,B77,B87,C27,C3,C36,C39,C45,C56,C63,C67,C8,D9
`Chr5:53201052`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C18,C30
`Chr5:53201052`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C18,C30
`Chr5:53201940`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	156	A1,A11,A13,A14,A15,A16,A19,A2,A3,A5,B1,B10,B102,B103,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B114,B118,B121,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B129,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B25,B28,B29,B3,B31,B33,B36,B37,B38,B4,B40,B45,B47,B49,B50,B51,B54,B55,B56,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B65,B68,B69,B71,B73,B76,B78,B79,B81,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B90,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C25,C26,C28,C29,C3,C36,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C56,C58,C59,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C74,C76,C79,C80,C81,C82,C84,C86,C87,C9,D1,D2,D3,D5,D7
`Chr5:53202054`	`G`	`GT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	48	A14,A22,A5,B1,B104,B111,B112,B123,B124,B125,B133,B134,B135,B17,B20,B24,B36,B4,B41,B63,B71,B79,B81,B88,B99,C16,C24,C29,C3,C30,C39,C40,C5,C53,C54,C55,C58,C72,C79,C8,C84,C86,C87,C9,D2,D5,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810551.1

181 aa

181

Pyr_redox_2

Pyr_redox

PF07992 Pyr_redox_2 26-96 aa PF00070 Pyr_redox 61-95 aa

XP_057810552.1

163 aa

163

Pyr_redox_2

Pyr_redox

PF07992 Pyr_redox_2 15-78 aa PF00070 Pyr_redox 43-77 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810551.1`	Pfam	`PF07992`	Pyr_redox_2	Domain	26	96	4.7e-07	30.2	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
`XP_057810551.1`	Pfam	`PF00070`	Pyr_redox	Domain	61	95	1.1e-05	26.5	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
`XP_057810552.1`	Pfam	`PF07992`	Pyr_redox_2	Domain	15	78	1.2e-08	35.5	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
`XP_057810552.1`	Pfam	`PF00070`	Pyr_redox	Domain	43	77	9.6e-06	26.7	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954570.1
GTGCAATACATTAACTATTCTCAATTACAATAATACATACTCGCCATAATATACAGCTCAACAATACAATCATTTATCTTGTAATGCAAAACTCACAAGTATCCTCTTGTTGTAGAGGTTTGCCTGCTTTATGTTTAAAGGTTCCCAGATAAGATTGGAGGAAACTTGGCAGGAGTTCATTATATTCGGGACGTTGCAGATGCCAATTCGCTTATATCATCACTGGAGAAAGCAAAGAAAGTCGTCGTCATCGGTGGTGG...

XM_057954568.1
TGTTCTTTCATTTGATGTAATAATTAACATTGTTCTTAATTGCTTGGGATGAGATTAGATTTCCCTTAAACCTTTCGCTTTCTAGATATTGAAATAATTTGTATGTTTGTCAACTTTGTGTGATATCTTATGTCTAGATAATTCCCATCTGCAAGAAGTTGTGATGTTTTTTGCTTTCATAAATATTGTTATTGGTTTTCTCAAAGATACTGTTGCCGACTTGCCGTTGTAAATACCATTGTTGGTTTTCTCAAGATAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131024976
ATGTTTAAAGGTTCCCAGATAAGATTGGAGGAAACTTGGCAGGAGTTCATTATATTCGGGACGTTGCAGATGCCAATTCGCTTATATCATCACTGGAGAAAGCAAAGAAAGTCGTCGTCATCGGTGGTGGTTACATTGGCATGGAAGTTGCAGCAGCAGCAGTTGGTTGGAAACTCGATACCACTGAATTCCAACTGCTTCCTAAACTTGCAAGAAGCCAGCCGTCTGTTGACATTGCAAAGCTTCGGAAAGCTTCTTCA...

LOC131024976
ATGACAATTCTATTTCTCTTCTGTTTCAGGTTCCCAGATAAGATTGGAGGAAACTTGGCAGGAGTTCATTATATTCGGGACGTTGCAGATGCCAATTCGCTTATATCATCACTGGTAATGTGTAATTGTTGTGCCAACTTGGAATTAATATTACAAGACACTCACACGGAGAAAGCAAAGAAAGTCGTCGTCATCGGTGGTGGTTACATTGGCATGGAAGTTGCAGCAGCAGCAGTTGGTTGGAAACTCGATACCACTGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057810551.1
MTILFLFCFRFPDKIGGNLAGVHYIRDVADANSLISSLVMCNCCANLELILQDTHTEKAKKVVVIGGGYIGMEVAAAAVGWKLDTTEFQLLPKLARSQPSVDIAKLRKASSIEEALEIAQSSLHVEVKVLVCFMCRHVEWMYASPALPYCIINSALLSAILPSFMFVEKKVEFCLIKVLHS

XP_057810552.1
MTILFLFCFRFPDKIGGNLAGVHYIRDVADANSLISSLEKAKKVVVIGGGYIGMEVAAAAVGWKLDTTEFQLLPKLARSQPSVDIAKLRKASSIEEALEIAQSSLHVEVKVLVCFMCRHVEWMYASPALPYCIINSALLSAILPSFMFVEKKVEFCLIKVLHS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器