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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003953`

染色体: Chr05 坐标: 53250461-53251153 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003953`
名称	SmilChr05G003953
描述	uncharacterized SmilChr05G003953
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	53250461 - 53251153 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026118`
GeneID	`131026118`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026118`
原始查询	`SmilChr05G003953`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108]; symbol=AT3G09510; hit=AT3G09510; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108]; symbol=AT3G09510; hit=AT3G09510; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=25.6; qcov=1.05; evalue=4.06e-15; confidence=low
Rice	`Os01g0930300` - identity=24.6; qcov=1.1; evalue=1.47e-11; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026118

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811869.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811869.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057811869.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811869.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811869.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:53250503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	32	A19,A2,A22,A23,A7,B105,B107,B109,B11,B115,B135,B41,B72,B76,B79,B80,B83,B96,C11,C16,C19,C22,C23,C33,C42,C51,C52,C58,C77,C86,C9,D2
`Chr5:53250509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B101,B138,B49,C27
`Chr5:53250516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C65,D6
`Chr5:53250555`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B112,C3
`Chr5:53250555`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B112,C3
`Chr5:53250558`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	183	A1,A11,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A23,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B12,B120,B121,B122,B124,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B138,B139,B14,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B30,B32,B34,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B80,B81,B82,B83,B87,B88,B89,B91,B93,B94,B96,B97,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C39,C40,C41,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C6,C60,C61,C62,C64,C68,C69,C7,C70,C74,C75,C76,C77,C79,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D8
`Chr5:53250562`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	183	A1,A11,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A23,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B12,B120,B122,B124,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B138,B139,B14,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B30,B32,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B80,B81,B82,B83,B87,B88,B89,B91,B93,B94,B96,B97,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C39,C40,C41,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C6,C60,C61,C62,C64,C68,C69,C7,C70,C74,C75,C76,C77,C79,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D8
`Chr5:53250570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,D10
`Chr5:53250571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C82
`Chr5:53250589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B83,C44
`Chr5:53250611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:53250615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A15,B114,B123,B127,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811869.1

230 aa

115

230

zf-RVT

RVT_3

PF13966 zf-RVT 1-52 aa PF13456 RVT_3 163-222 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811869.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1	52	5.3e-10	40.5	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057811869.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	163	222	4.2e-10	40.3	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955886.1
ATGTTCATGTGGAGGTGTCTTGCTAATGCTTTACCTACGGCCCAGGCTCTAAGAAGTAAAAATATCGATGTCGATGTGAAGTGTAGAAGATGTGGAGATTATGAGGAAACGATGGAACATGCGCTGCGCGACTGTAGTTGGGTTGGGGTTCTTTGGGCCGTTTCTCCTCTTCGGATTCAGCCTTTGAGTAATGGAGATTTATGTGATATTCCTACGTGGTTCGAGAAAATCCGCAGTCTTCCTTCCCGGGAGGTTCATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026118
ATGTTCATGTGGAGGTGTCTTGCTAATGCTTTACCTACGGCCCAGGCTCTAAGAAGTAAAAATATCGATGTCGATGTGAAGTGTAGAAGATGTGGAGATTATGAGGAAACGATGGAACATGCGCTGCGCGACTGTAGTTGGGTTGGGGTTCTTTGGGCCGTTTCTCCTCTTCGGATTCAGCCTTTGAGTAATGGAGATTTATGTGATATTCCTACGTGGTTCGAGAAAATCCGCAGTCTTCCTTCCCGGGAGGTTCATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811869.1
MFMWRCLANALPTAQALRSKNIDVDVKCRRCGDYEETMEHALRDCSWVGVLWAVSPLRIQPLSNGDLCDIPTWFEKIRSLPSREVHALFATLVWTAWFARNMFLFQNKAFSHVECLAIANRALWHNPSNSAGTRQGTDATPLFCCSEEEVKVSSDAAVNLGVGIGLGAVLTDKHGSVLGCRYGSRNGAFTVVEGEALAMLEGLKFCRDRGLLDIIVETDCQFFISVACSP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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