当前解析结果
SmilChr05G003959| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003959 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003959 |
| 描述 | protein LURP-one-related 17 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 53324242 - 53325257 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024970 |
|---|---|
| GeneID | 131024970 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024970 |
| 原始查询 | SmilChr05G003959 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LURP-one-related 17 |
| 产物 | protein LURP-one-related 17 |
| Arabidopsis | AT5G41590 (AT5G41590)LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834161] identity=47.3; qcov=1.05; evalue=2.23e-57; confidence=high |
| Rice | Os01g0817650- identity=41.5; qcov=0.863; evalue=1.2e-41; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04525 (LOR) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024970 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057810545.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057810545.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057810545.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810545.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810545.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:53324511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr5:53325029 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C87 |
Chr5:53325029 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr5:53325087 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 18 | A21,A9,B100,B101,B112,B119,B13,B14,B24,B26,B28,B40,B44,B66,B68,C45,C8,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810545.1PF04525
LOR 35-208 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810545.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 35 | 208 | 1.2e-32 | 114.5 | LURP-one-related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。