Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003962`

染色体: Chr05 坐标: 53360291-53363977 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003962`
名称	SmilChr05G003962
描述	uncharacterized SmilChr05G003962
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	53360291 - 53363977 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025030`
GeneID	`131025030`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025030`
原始查询	`SmilChr05G003962`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0580100; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os02g0580100; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G25500` (AT1G25500) Plasma-membrane choline transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839136] identity=74.3; qcov=0.859; evalue=1.62e-172; confidence=high
Rice	`Os02g0580100` - identity=74.3; qcov=0.866; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF04515 (Choline_transpo)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025030

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057810597.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057810597.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057810597.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057810599.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810597.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:53360664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C47
`Chr5:53361924`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr5:53362084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B63,B9,C29,C73
`Chr5:53362484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810597.1

498 aa

249

498

Choline_transpo

PF04515 Choline_transpo 158-451 aa

XP_057810599.1

404 aa

202

404

Choline_transpo

PF04515 Choline_transpo 64-357 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810597.1`	Pfam	`PF04515`	Choline_transpo	Family	158	451	4.3e-61	207.6	Plasma-membrane choline transporter
`XP_057810599.1`	Pfam	`PF04515`	Choline_transpo	Family	64	357	2.2e-61	208.6	Plasma-membrane choline transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954614.1
AACCATACATTTCCTCACAACTAAAGGGTGGCAACTACCTGGCAACTCACGCCGTCTCTCTCTATTATTTTTAATTTCGATTTTTCTCTGTCTCTTCAAAAATAAAAATGATAGCCGTTTCGTTTTTTCCTCAGTTTACTTCCAAATTCTTTTATGCTTTTTCCTCATTTGCAAATACCGTCACCCTCTGAAACTACTATTTGCTGTCAAATTCTTCCAAAACCCTAGCAAAACTACTCATGTTCTTCGCTACCAAACAA...

XM_057954616.1
CTACCTGGCAACTCACGCCGTCTCTCTCTATTATTTTTAATTTCGATTTTTCTCTGTCTCTTCAAAAATAAAAATGATAGCCGTTTCGTTTTTTCCTCAGTTTACTTCCAAATTCTTTTATGCTTTTTCCTCATTTGCAAATACCGTCACCCTCTGAAACTACTATTTGCTGTCAAATTCTTCCAAAACCCTAGCAAAACTACTCATGTTCTTCGCTACCAAACAAAATTCTGATCCACTATATACGTTAATTCTTTCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131025030
ATGAACGACTTTCGCTCTTCATCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTATGACTCCGCCGTCGGACCACCGCAAACGAATGTCATGGGGAGTCGTTCATCTTCTCAAGGAATCTCCCACATGGTGTCTCGTAGCTGGCGGGATGTGTTCTGGTTGGTAATATTTATAGCGCATTTGGTTGTGGTAGGTTTTGCTCTCGGGGTTTTTGGGCTAAATAGGTTTAAGCAATTGGATAGGCTAAATATTGATAAATATACAATGGGATT...

LOC131025030
ATGAACGACTTTCGCTCTTCATCGTCGTCGTCTTCCTCCTCCTATGACTCCGCCGTCGGACCACCGCAAACGAATGTCATGGGGAGTCGTTCATCTTCTCAAGGAATCTCCCACATGGTGTCTCGTAGCTGGCGGGATGTGTTCTGTGTGCTGTGTTTCTGGATCAAGCAGTTCTTCTGGGGTGTTTCATTTGCTATTGGTGCTGCGTTGCAATTCTTGTATGTTATCTCTGTTATTGACAGGCTTCCATTTACCATGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057810597.1
MNDFRSSSSSSSSSYDSAVGPPQTNVMGSRSSSQGISHMVSRSWRDVFWLVIFIAHLVVVGFALGVFGLNRFKQLDRLNIDKYTMGFLENKDGLTEDYWPLYAVAGGVGAVLGWTWLLLLGSRATQMMKFSVHILTTYLAVISVLCFWIKQFFWGVSFAIGAALQFLYVISVIDRLPFTMLVLQRAVQMVWDLPEVTRVASLFMLVMLLWLALWSFGAAGVVALGIGDGGLWWLLVVLSVSLFWTGAVLCNVVHVVVSGM...

XP_057810599.1
MNDFRSSSSSSSSSYDSAVGPPQTNVMGSRSSSQGISHMVSRSWRDVFCVLCFWIKQFFWGVSFAIGAALQFLYVISVIDRLPFTMLVLQRAVQMVWDLPEVTRVASLFMLVMLLWLALWSFGAAGVVALGIGDGGLWWLLVVLSVSLFWTGAVLCNVVHVVVSGMVFLVLIHGGREATSMPPKLVMSSLQHAVTTSFGSICYGSLFTAAIRTLRWEIRGLRSKIGSNECLLCCVDFLFHLVEFLVRWFNKYAYVQIGIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器