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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003973

染色体: Chr05 坐标: 53530986-53532513 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003973
名称SmilChr05G003973
描述dehydration-responsive element-binding protein 1C-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向53530986 - 53532513 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025041
GeneID131025041
locus_tag-
NCBI NameLOC131025041
原始查询SmilChr05G003973

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dehydration-responsive element-binding protein 1C-like
产物dehydration-responsive element-binding protein 1C-like
ArabidopsisAT4G25470 (CBF2)
C-repeat/DRE binding factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828651]
identity=54; qcov=1.09; evalue=2.73e-69; confidence=high
RiceOs04g0572400 (OsDREB1E)
-
identity=45.6; qcov=1.04; evalue=2.86e-46; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810615.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810615.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810615.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810615.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057810615.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:53531683 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B122,D5
Chr5:53531683 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 B122,D5
Chr5:53531776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr5:53531800 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 34 A19,B103,B115,B137,B24,B28,B30,B37,B39,B43,B49,B53,B56,B58,B63,B64,B69,B78,B79,B88,B9,B90,B92,C1,C18,C20,C32,C51,C53,C62,C68,C71,C75,C85
Chr5:53532046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:53532047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B40
Chr5:53532226 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 25 A11,A2,A3,B106,B118,B123,B127,B132,B25,B27,B34,B51,B55,B97,C10,C13,C23,C42,C48,C49,C59,C74,C79,C81,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810615.1
196 aa
N
1
98
196
AP2
C
PF00847 AP2 45-95 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810615.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 45 95 3.2e-15 56.9 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954632.1
TTACATTACAATCTTATTCCACTAAATAGTTGCGCCCAACATAAGTAGTCAAGTGAGAGGGAAGACAAAGAATAATTGTTAGTATTTGTTAAATAATGTAAAGTCTTGGTTCCTTGCAAGCTGCCACATAAATATCATAATTGGTATGTTACACTCCTCTCCTCCACCCCAACACATTATTACCACATTATACCTACTCCACTCCTTCCCTTTCCCCATAAAAATAAGCATGGATCCAATTCCAAACCTCAAATAAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025041
ATGTTTGGGAAAAACTATTCCGGCGTCCCAGAGCTACCGGAACCGTCGGCCGGCGGAAACGAACAGGTGATTCTAGCTTCCGCCAGCCCGAAGAAGCCGGCGGGGCGGAAGAAGGTCCGCGAGACGCGCCACCCAGTCTACCGCGGCGTCCGGTTGCGGAGTTCCGGTAAGTGGGTTTGCGAGGCGAGAGTGCCCAACAACAAATCAAGAATCTGGCTGGGGACTTTCGCCACTGCAGAAATGGCGGCGCGTGCACATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810615.1
MFGKNYSGVPELPEPSAGGNEQVILASASPKKPAGRKKVRETRHPVYRGVRLRSSGKWVCEARVPNNKSRIWLGTFATAEMAARAHDVAAIALRGRMACLNFADSTWRLPVPASCSAQDIQMAAAEAAETFSPESAETFSPESASLSMAEEEEAVFGRDNGLISNMCEGLMMSPPPLYDYGVDVEADEIPLWSYSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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