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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004011

染色体: Chr05 坐标: 54051517-54052778 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004011
名称SmilChr05G004011
描述uncharacterized SmilChr05G004011
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54051517 - 54052778 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025078
GeneID131025078
locus_tag-
NCBI NameLOC131025078
原始查询SmilChr05G004011

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843162]; symbol=AT1G68330; hit=AT1G68330; species=arabidopsis; confidence=medium
产物membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843162]; symbol=AT1G68330; hit=AT1G68330; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G68330 (AT1G68330)
membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843162]
identity=36.5; qcov=1.14; evalue=6.94e-27; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057810663.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057810663.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057810663.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057810663.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810663.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54052183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B68,D11
Chr5:54052192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B37,B46,C85
Chr5:54052207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B37,B46,C85
Chr5:54052219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B37,B46,C85
Chr5:54052246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B33,C31
Chr5:54052279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:54052312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr5:54052330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:54052360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,D10
Chr5:54052395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C83
Chr5:54052454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,C20,C34,C47
Chr5:54052472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954680.1
AATTGAGGGGCATCCAAAGTCCATGTTGGGCCTTTAGCAACGTGATAACCACATTTTCTGGGCTCCTGCCCGCCAAAATCCCCTTAATTTCTTCTCCTCTTTCACTTTCACTTTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTGAAAAGCTCAGCTAGCTACGACAGATCCCTTCCCTCTGCAGTAGCCTTTCGGTGCTTAAATTCAATCGCTTTCATTCTTTTCCTCATCACTTGACACAAACAAAATGTCAATCTCCATGTCCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025078
ATGGCGGTGGATGTCTGCTCAGAAATCTCGAGCCCAGTTGTCAGTCCTAGAATCTCCTTCTCTCATGATCTCAATGAATTGGACTTTGTGCCAATCGAATCGCACAATCATTTGCATTTGAATCCCACGATCGACTTCGATTTCTACAATATAGGCCAAAACCTCCAAATTTCCTCCGCCGACGAGCTCTTCGCCAACGGCAAAATCCTCCCCGTCCAGATCAAAACCACGTCTCCGCCGAAGCAAATAGATCGCAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810663.1
MAVDVCSEISSPVVSPRISFSHDLNELDFVPIESHNHLHLNPTIDFDFYNIGQNLQISSADELFANGKILPVQIKTTSPPKQIDRNLNKTDNNSKKKRLIEFLSATVDDDDEEEEGKPIARSFWQFRRSSSVNCDRGGLLRSLQFLSRSNSTGSVPNPKPSGLAKVMRKQNSLREAPINRRNSAAAGLNQYYHYNKPSLGKSSSRSYGNGVRISPVLNIAPNYTVSLFGIGSLFCSKKSKKKRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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