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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004014

染色体: Chr05 坐标: 54082776-54084684 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004014
名称SmilChr05G004014
描述uncharacterized SmilChr05G004014
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54082776 - 54084684 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026125
GeneID131026125
locus_tag-
NCBI NameLOC131026125
原始查询SmilChr05G004014

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=41.2; qcov=0.145; evalue=2.03e-06; confidence=weak
RiceOs08g0125300
-
identity=48.3; qcov=0.165; evalue=1.73e-12; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026125

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811878.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811878.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811878.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811878.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811878.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54082783 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 19 A23,B10,B104,B125,B128,B134,B138,B140,B24,B75,B8,B97,C11,C20,C68,C69,C84,C85,D1
Chr5:54082856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B52
Chr5:54082887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,D4
Chr5:54082943 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:54083416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B3,B98,C59
Chr5:54083601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C56
Chr5:54083610 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B135
Chr5:54083610 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B135
Chr5:54083898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr5:54083928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:54084039 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 38 A22,A3,A4,A7,A8,B105,B107,B108,B113,B12,B120,B130,B136,B36,B40,B55,B63,B69,B77,B82,B88,B97,C11,C17,C2,C26,C38,C43,C45,C53,C6,C69,C84,C86,D1,D10,D3,D8
Chr5:54084078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B43,B59,B62,C37,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955895.1
GTTGAAAATAAGAGTCAATAGTCAAAAGTATTAAAATCAATTCAAAGATCAGATCTTTGAATTGAATATAAGAGTGTGTATATTTGATTTTAAGAAGATTTTGTAAGACTTTTTATCCATCCTTATACTATATAAGGATGCATTGTAATCAAGGAAATAAGCAAGCAAGCAATATCAAGCAATACAATAACAAACATTTGCTTCTCTTTATCTTTCTCTATGCATTATGATAATTCCATGTTTTAACATGGTATCAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026125
ATGCCTTCATTGCTCACGCAATCACAACAACCTCTGCCAAATACAGGCAGCCAATATTTACCCCTCCAACCACCACTACCACAACAACCAAGGAGCCACAGAGCCAAAGAAATCCCGGCTCCCTCAGCGGAGTCGGCCTTCTCAAAAATGAGAAGGGAGGCCGCCCGACTACAGATCTTGCAGTCGGCAACCAACCGCTTCAAAACCAACATTTCATCATCGGAAGAGACCGGGACCGAACTTACCACCATATTCCGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811878.1
MPSLLTQSQQPLPNTGSQYLPLQPPLPQQPRSHRAKEIPAPSAESAFSKMRREAARLQILQSATNRFKTNISSSEETGTELTTIFRPATRPEARLQQITADRSKEGGGGDFSDQDPNSTFHQQPNGWVENGVSSLDIISDEDADEDVEKEVEEATESERAIERAFREDEARRNAPLTAENSGRVMDAIRTPIPTTQPTTTSRFPPSTTTAAKTQTTAMAVDRLAASGPWGAREISAAGNQSPLTVGSAAPAVDRAAVDRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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