Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004016`

染色体: Chr05 坐标: 54142108-54151263 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004016`
名称	SmilChr05G004016
描述	glycosyltransferase BC10-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	54142108 - 54151263 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025081`
GeneID	`131025081`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025081`
原始查询	`SmilChr05G004016`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycosyltransferase BC10-like
产物	glycosyltransferase BC10-like
Arabidopsis	`AT1G68390` (AT1G68390) Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843168] identity=64; qcov=0.675; evalue=5.19e-149; confidence=high
Rice	`Os03g0731050` - identity=54.5; qcov=0.689; evalue=2.53e-127; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02485 (Branch)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025081

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057810666.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057810666.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810666.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810666.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810666.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:54142211`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	B109,B110,B125,B135,B139,B18,B20,B31,B45,B67,B79,B98,C16,C30,C39,C52,C60
`Chr5:54148127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B77
`Chr5:54148142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr5:54148144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr5:54148148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr5:54148166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr5:54148207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr5:54148215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B93,C8,D3
`Chr5:54148217`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr5:54148221`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C65
`Chr5:54148221`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C65
`Chr5:54148403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810666.1

456 aa

228

456

Branch

PF02485 Branch 187-414 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810666.1`	Pfam	`PF02485`	Branch	Family	187	414	8.8e-83	278.4	Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954683.1
ATAGCCATGATGTGATGAAAAATTACGTTTACTACGCTGATTTCGCCAAAATCAAAATATTGTCTACGTTGAAGAGCTTCAACAAAGGATTCAAGGATTTTAAGGAAAAAATACGAAAAGACATCCCTCAACACTTCTCGAAGCCGCCACCGCCGCCGACAATGAAGAAGTCTCCGCCGCCGCCGCTGCCGTCCATGCTCCCCGTCGCGACCAAGACCGCATTCCCGGCCGCCGGAAAACGGCCGAGCTCCCCATTCCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025081
ATGAAAAATTACGTTTACTACGCTGATTTCGCCAAAATCAAAATATTGTCTACGTTGAAGAGCTTCAACAAAGGATTCAAGGATTTTAAGGAAAAAATACGAAAAGACATCCCTCAACACTTCTCGAAGCCGCCACCGCCGCCGACAATGAAGAAGTCTCCGCCGCCGCCGCTGCCGTCCATGCTCCCCGTCGCGACCAAGACCGCATTCCCGGCCGCCGGAAAACGGCCGAGCTCCCCATTCCCGCTGGCGAACCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810666.1
MKNYVYYADFAKIKILSTLKSFNKGFKDFKEKIRKDIPQHFSKPPPPPTMKKSPPPPLPSMLPVATKTAFPAAGKRPSSPFPLANLLSYLFFFASGLTFGIIICFHYKSFSFNLQVTGGQFSFFTAQSSLQQPPLPAAFPSPPSPAAEGSLQEPPSLVHGMSDEELMWRASMAPKIQEFPFRRVPKIAFMFLTRGPVVLAPLWDRFFHGNRGLYSIYVHSDPSFNESEPEGSVFRGRRIASKEVEWGNVNMVEAERRLLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器