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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004043

染色体: Chr05 坐标: 54403183-54406583 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004043
名称SmilChr05G004043
描述putative zinc finger protein At1g68190
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54403183 - 54406583 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025105
GeneID131025105
locus_tag-
NCBI NameLOC131025105
原始查询SmilChr05G004043

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative zinc finger protein At1g68190
产物putative zinc finger protein At1g68190
ArabidopsisAT1G68190 (BBX27)
B-box zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843148]
identity=40.3; qcov=0.811; evalue=8.7e-66; confidence=medium
RiceOs06g0298200 (OsBBX19)
-
identity=29.9; qcov=0.724; evalue=1.5e-30; confidence=low
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810695.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810695.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810695.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810695.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057810695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54403910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:54404039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B69,B86,B9
Chr5:54404138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C50
Chr5:54404348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,B93
Chr5:54404364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B98,C13,C34,C48
Chr5:54404373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:54404439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr5:54404457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B30,B35,C48
Chr5:54404470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:54404517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B68,B76,D1
Chr5:54404616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:54404618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954714.1
ATACTTTGGGGCAATCCTACCGTTGACGTGGCGAGTTCCCATTGGCCCCAGCCGCCAACTATTCGGATGTGCTGCCGTACTTTCACATGCTGGATTAGATAACATAACACTTGGGATTTTATGTCACTCACCACCTCAGCTCCAAAAGTGCATCCTTTCATTCAAGTCAGACAGAGTAGATAACAAACGAATAACATAACTGAAAACCAAACCCCCTTTTTTCTGCTAATATTATCATCAACTTATCATAGATTCATAGC...
XM_057954713.1
TTGGGGCAATCCTACCGTTGACGTGGCGAGTTCCCATTGGCCCCAGCCGCCAACTATTCGGATGTGCTGCCGTACTTTCACATGCTGGATTAGATAACATAACACTTGGGATTTTATGTCACTCACCACCTCAGCTCCAAAAGTGCATCCTTTCATTCAAGTCAGACAGAGTAGATAACAAACGAATAACATAACTGAAAACCAAACCCCCTTTTTTCTGCTAATATTATCATCAACTTATCATAGATTCATAGCCCTCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131025105
ATGGAGAAAAGGTGCGAATTCTGCGCGGCGTTGAGGCCGGTCGTGTTCTGCAAATCAGACGCGGCGCACCTCTGCCTCCCCTGCGACGCCAAGGTCCACTCGGCCAACGCCCTCTCCTACAGACATCCTCGTACCCTCGTCTGCGAATCCTGCCGGAATCACCCTGCATCGCTGCGTTGTTTCCACCACCAAACGTTCATGTGCCAGAGCTGCCACATCAGCCGCCACGCCTCCCTCGATCACTGCAAGAAGAAGCTCAG...
LOC131025105
ATGGAGAAAAGGTGCGAATTCTGCGCGGCGTTGAGGCCGGTCGTGTTCTGCAAATCAGACGCGGCGCACCTCTGCCTCCCCTGCGACGCCAAGGTCCACTCGGCCAACGCCCTCTCCTACAGACATCCTCGTACCCTCGTCTGCGAATCCTGCCGGAATCACCCTGCATCGCTGCGTTGTTTCCACCACCAAACGTTCATGTGCCAGAGCTGCCACATCAGCCGCCACGCCTCCCTCGATCACTGCAAGAAGAAGCTCAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057810695.1
MEKRCEFCAALRPVVFCKSDAAHLCLPCDAKVHSANALSYRHPRTLVCESCRNHPASLRCFHHQTFMCQSCHISRHASLDHCKKKLSCYVGCPSARDLADLWGFQIKQSVDNSDEVGNDGSQEKRLILQQILDLERLQLSDDSCLSSRVKERPGVKHEATWKEHGMLENQHLEHSDAEESLSSPFPQLDSLAGNGNPMAGDAFWQHRSPLHNNEIWAQNMQDLGVCDEVGCFEDVNIPDVDLTFQSFEELFGSEQEPTNS...
XP_057810696.1
MEKRCEFCAALRPVVFCKSDAAHLCLPCDAKVHSANALSYRHPRTLVCESCRNHPASLRCFHHQTFMCQSCHISRHASLDHCKKKLSCYVGCPSARDLADLWGFQIKQSVDNSDEVGNDGSQEKRLILQQILDLERLQLSDDSCLSSRVKERPGVKHEATWKEHGMLENQHLEHSDAEESLSSPFPQLDSLAGNGNPMAGDAFWQHRSPLHNNEIWAQNMQDLGVCDEVGCFEDVNIPDVDLTFQSFEELFGSEQEPTNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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