当前解析结果
SmilChr05G004045| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004045 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004045 |
| 描述 | E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 54423744 - 54425177 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025106 |
|---|---|
| GeneID | 131025106 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025106 |
| 原始查询 | SmilChr05G004045 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A-like |
| 产物 | E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A-like |
| Arabidopsis | AT1G15100 (RHA2A)RING-H2 finger A2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838073] identity=45; qcov=0.994; evalue=9.97e-40; confidence=medium |
| Rice | Os02g0681200- identity=46.5; qcov=0.341; evalue=2.4e-13; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025106 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057810698.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057810698.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057810698.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057810698.1 |
| 5 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057810698.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:54424067 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:54424121 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A6,B102,B107,B117,B134,B29,B39,C16,C60 |
Chr5:54424125 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | A6,A8,B102,B107,B117,B134,B29,B39,C16,C60 |
Chr5:54424161 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B38,B39,C35,C44,C52 |
Chr5:54424220 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A10,A20,A21,A6,A8,B107,B110,B129,B15,B39,B43,B46,B49,B50,B55,B60,C73,C81,D9 |
Chr5:54424224 |
G |
GCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A10,A20,A21,A6,A8,B107,B110,B129,B15,B39,B43,B46,B49,B50,B55,B60,C73,C81,D9 |
Chr5:54424245 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 16 | A10,A20,A21,A6,B107,B110,B129,B39,B46,B49,B50,B55,B60,C73,C81,D9 |
Chr5:54424247 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A10,A20,A21,A6,B107,B110,B129,B39,B46,B49,B55,C73,C81,D9 |
Chr5:54424250 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr5:54424364 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B1,B2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810698.1PF17123
zf-RING_11 98-125 aa
PF13639
zf-RING_2 98-141 aa
PF00097
zf-C3HC4 99-140 aa
PF13923
zf-C3HC4_2 99-140 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810698.1 |
Pfam | PF17123 |
zf-RING_11 | Domain | 98 | 125 | 3.8e-09 | 36.8 | RING-like zinc finger |
XP_057810698.1 |
Pfam | PF13639 |
zf-RING_2 | Domain | 98 | 141 | 1.1e-13 | 51.9 | Ring finger domain |
XP_057810698.1 |
Pfam | PF00097 |
zf-C3HC4 | Domain | 99 | 140 | 8.5e-07 | 29.5 | Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) |
XP_057810698.1 |
Pfam | PF13923 |
zf-C3HC4_2 | Domain | 99 | 140 | 6.4e-09 | 36.2 | Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。