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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004050

染色体: Chr05 坐标: 54486689-54489118 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004050
名称SmilChr05G004050
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g22960, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54486689 - 54489118 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025111
GeneID131025111
locus_tag-
NCBI NameLOC131025111
原始查询SmilChr05G004050

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g22960, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g22960%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G22960 (AT1G22960)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838903]
identity=41.6; qcov=0.802; evalue=5.65e-112; confidence=medium
RiceOs12g0152600
-
identity=37.8; qcov=0.755; evalue=5.53e-89; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025111

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057810704.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057810704.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810704.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810704.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810704.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54487216 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A25,B21,B52,C51
Chr5:54487216 GC G 1bp_deletion CDS_variant 4 A25,B21,B52,C51
Chr5:54487304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C3
Chr5:54487349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B65
Chr5:54487525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr5:54487547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr5:54487579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B58,C35
Chr5:54487674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B1,B2
Chr5:54487728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C3
Chr5:54487743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr5:54487753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B86,B95,C11,C69
Chr5:54487781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B120,B31,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810704.1
575 aa
N
1
288
575
PPR
PPR_3
PPR_long
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
C
PF01535 PPR 236-258 aa PF13812 PPR_3 249-307 aa PF17177 PPR_long 280-375 aa PF23276 TPR_24 284-388 aa PF12854 PPR_1 293-324 aa PF13041 PPR_2 295-344 aa PF13812 PPR_3 297-339 aa PF01535 PPR 298-328 aa PF12854 PPR_1 327-359 aa PF01535 PPR 334-363 aa PF13041 PPR_2 334-378 aa PF13812 PPR_3 354-411 aa PF12854 PPR_1 361-394 aa PF13041 PPR_2 366-414 aa PF01535 PPR 368-397 aa PF12854 PPR_1 396-423 aa PF13041 PPR_2 400-448 aa PF01535 PPR 403-432 aa PF23276 TPR_24 421-532 aa PF13812 PPR_3 429-479 aa PF12854 PPR_1 432-462 aa PF13041 PPR_2 436-484 aa PF01535 PPR 438-468 aa PF12854 PPR_1 466-498 aa PF13041 PPR_2 472-518 aa PF01535 PPR 473-503 aa PF13812 PPR_3 494-548 aa PF12854 PPR_1 502-534 aa PF01535 PPR 508-538 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 236 258 4.8e-62 202.7 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 249 307 8.6e-47 157.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810704.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 280 375 4e-22 79.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057810704.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 284 388 1.3e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057810704.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 293 324 1.9e-67 223.3 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 295 344 3.8e-93 306.2 PPR repeat family
XP_057810704.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 297 339 8.6e-47 157.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 298 328 4.8e-62 202.7 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 327 359 1.9e-67 223.3 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 363 4.8e-62 202.7 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 334 378 3.8e-93 306.2 PPR repeat family
XP_057810704.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 354 411 8.6e-47 157.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810704.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 361 394 1.9e-67 223.3 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 366 414 3.8e-93 306.2 PPR repeat family
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 397 4.8e-62 202.7 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 396 423 1.9e-67 223.3 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 400 448 3.8e-93 306.2 PPR repeat family
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 403 432 4.8e-62 202.7 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 421 532 1.3e-17 64.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057810704.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 429 479 8.6e-47 157.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810704.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 432 462 1.9e-67 223.3 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 436 484 3.8e-93 306.2 PPR repeat family
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 438 468 4.8e-62 202.7 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 466 498 1.9e-67 223.3 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 472 518 3.8e-93 306.2 PPR repeat family
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 503 4.8e-62 202.7 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 494 548 8.6e-47 157.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810704.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 502 534 1.9e-67 223.3 PPR repeat
XP_057810704.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 508 538 4.8e-62 202.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954721.1
AATAGAAAAAGGTAAAAAATAGTGAAAAAGGAAAACAAAATGAAGAAGAAAAAAGAAGCACCAAAAGTTTCGATGTTCTGTTTCTTCCCTTCATTCTTTCGCCGCCACGAGCATCATAGGATGACCCTTTGGTCGCCAGCTTCAAAATCGTTAGCTCCCAGAAAAATTCTCGATTCCTTATGCTGTCTGTCTTCTTTCAATTACGACTTCGGTTTCAAGGTACGGTTTCACTTCGTTTCACAGTTTCATCGCAATTCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025111
ATGAAGAAGAAAAAAGAAGCACCAAAAGTTTCGATGTTCTGTTTCTTCCCTTCATTCTTTCGCCGCCACGAGCATCATAGGATGACCCTTTGGTCGCCAGCTTCAAAATCGTTAGCTCCCAGAAAAATTCTCGATTCCTTATGCTGTCTGTCTTCTTTCAATTACGACTTCGGTTTCAAGGTACGGTTTCACTTCGTTTCACAGTTTCATCGCAATTCGGATTTGGGAAAAGATAGCTTTAATGGTGAAGTGGGAAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810704.1
MKKKKEAPKVSMFCFFPSFFRRHEHHRMTLWSPASKSLAPRKILDSLCCLSSFNYDFGFKVRFHFVSQFHRNSDLGKDSFNGEVGKESFNGEVRGSSGGNVNVKSSRGLYQNLILKTMRENPKAFRDDDWVVPDYCSALVVDSDLLLSVINSIRRRPTTVLKIFRWAERRKGFKHSEFVFCSVLEVLLENDLMSPAYWVVERVIDANMEGAVVDALIDGYSNHAVSVRVLDFILWVLTKKSDVERCLWLFEKMVKNGFSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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