Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004064`

染色体: Chr05 坐标: 54576757-54579159 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004064`
名称	SmilChr05G004064
描述	uncharacterized SmilChr05G004064
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	54576757 - 54579159 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025127`
GeneID	`131025127`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025127`
原始查询	`SmilChr05G004064`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsFbox489; symbol=OsFbox489; hit=Os09g0448100; species=rice; confidence=low
产物	OsFbox489; symbol=OsFbox489; hit=Os09g0448100; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G22390` (AT4G22390) F-box associated ubiquitination effector family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828334] identity=33; qcov=0.268; evalue=5.13e-06; confidence=weak
Rice	`Os09g0448100` (OsFbox489) - identity=26.1; qcov=0.707; evalue=1.15e-10; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057810728.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057810728.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057810728.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810728.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810728.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:54577993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D1,D10
`Chr5:54578169`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B58
`Chr5:54578169`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B58
`Chr5:54578226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:54578389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B110,B48,B65,C59
`Chr5:54578431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:54578782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr5:54578879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810728.1

396 aa

198

396

FBA_1

FBA_3

PF07734 FBA_1 52-233 aa PF08268 FBA_3 56-308 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810728.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	52	233	6.5e-12	45.8	F-box associated beta propeller domain
`XP_057810728.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	56	308	1.7e-14	54.3	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954745.1
TCTCTCCTCACTCTCGTCTCCTCTATTTCTCTCTCTCGCATTCTTCTCTTTGCGGCAGCGCCGCTCTCTGTCTCTCTCGTCTCCGGCCTCTCCGTGCCGCCGCCCTCGCCGGTTTGCCCAACCCCCTCGTCTCTCGACGCGCCGCCGCCCTTGTCGACTCGCCCAGCCTTCCTCATTGTCCCGAATCATCCCGCCTCCTGCGTCCTGCGTCCGCCGCAGTAGCTCTGTCAAACAGCTTCCCCATCCAAAGATAGTTCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025127
ATGGAGGGCCTTTTTCTGAAACGCTATCACACCGCTAGTTGTAATAGGAATTACTTATCGTTACTTTCTGTTTCTGGGGAAGACTGGTCTGTGTGTGAAAATGATGAACCTATCATGCTTCCTTTCGCTAGAAATTCTACTATTGATGGTAGTAGTTGTGGTGAGCTGATGTATTTTGACAACTTTGGGGGTAGGATTATAATTTGCAATCCAACTACCAAATCTTTCGTACCCCTTGATCCACCCAAGTTCCCACGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810728.1
MEGLFLKRYHTASCNRNYLSLLSVSGEDWSVCENDEPIMLPFARNSTIDGSSCGELMYFDNFGGRIIICNPTTKSFVPLDPPKFPRPPVTIIFCGSGFGYDPISDDYKVVRHYYHSYFECIKDPGREPNNVAEVYSLKNGSWKEILGPFDDEDDDDDGICFVPTDCMTGIYVDGVCYWTSCVGVISFDFTHELFSSFDLPMKNKDGDFLHNLIKVNDVLGVFRNERPPTCYPKYVEFSSTFELLVRKESSWVPWLNVDLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器