Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004074

染色体: Chr05 坐标: 54638847-54640091 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004074
名称SmilChr05G004074
描述uncharacterized SmilChr05G004074
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54638847 - 54640091 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025137
GeneID131025137
locus_tag-
NCBI NameLOC131025137
原始查询SmilChr05G004074

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025137

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810736.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057810736.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810736.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810736.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810736.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54639440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr5:54639448 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 5 B127,B66,C34,C52,C82
Chr5:54639448 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 5 B127,B66,C34,C52,C82
Chr5:54639453 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B66,C34
Chr5:54639453 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 B66,C34
Chr5:54639456 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B127,C52
Chr5:54639456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,C52
Chr5:54639469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C30
Chr5:54639481 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 18 A18,B18,B25,B3,B47,B56,B6,B8,B85,B96,B97,C17,C4,C55,C62,C67,C77,C87
Chr5:54639616 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B1
Chr5:54639616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr5:54639634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102093.1
TTAGTGCGTGTTCGGTAGGTTAGTAGTGGGCTCATTGCTTAATAACAGAGGCAAAATTTGGGCGTTCGGTATCAAATTTTTTTAAGAGCCAAGCCCGCAAAAAAGCGAGGGCCCGCTGATGAAGGATTATGCTATCTACAATATTTCGATGTTTTCATTCTATCATCTTCTTCGAACCAGTTTCATCTGCTAACGAAGAGGCTTTGAAGCTGCGATTTTTAAGGAAAATGACTTGGCGAAAGCATATTTACGTGGAGGTG...
XM_057954753.1
TTAGTGCGTGTTCGGTAGGTTAGTAGTGGGCTCATTGCTTAATAACAGAGGCAAAATTTGGGCGTTCGGTATCAAATTTTTTTAAGAGCCAAGCCCGCAAAAAAGCGAGGGCCCGCTGATGAAGGATTATGCTATCTACAATATTTCGATGTTTTCATTCTATCATCTTCTTCGAACCAGTTTCATCTGCTAACGAAGAGGCTTTGAAGGTAATTTCAGAGCATCGATTTTTATGTATTCTCCAGATTTTATTGTTGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025137
ATGTCCTGTCGAAAAATTCATGTTTGGATTCGATGCGCCCCGACAGCTGCGATTTTTAAGGAAAATGACTTGGCGAAAGCATATTTACGTGGAGGTGACCCGTGTTATACCCAGCTGTGCAATCTCTTCGGCGCAAACAACGTAAAACATGAGCTATCTCATACTGTTGTTCTCATCAGCGACTCGCCACAAGTCAAGAAATTGGAGCTCATTGAAGTGGGTGATTCGTCTAGTGACGAGGAAGTGAACTCGCCAATCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810736.1
MSCRKIHVWIRCAPTAAIFKENDLAKAYLRGGDPCYTQLCNLFGANNVKHELSHTVVLISDSPQVKKLELIEVGDSSSDEEVNSPIVGPNKNVVRKLTFVSGQVKPTDVGDNNILEGSSCASCSPFK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器