Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004089`

染色体: Chr05 坐标: 54739566-54742792 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004089`
名称	SmilChr05G004089
描述	14-3-3-like protein GF14 iota
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	54739566 - 54742792 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025150`
GeneID	`131025150`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025150`
原始查询	`SmilChr05G004089`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	14-3-3-like protein GF14 iota
产物	14-3-3-like protein GF14 iota
Arabidopsis	`AT1G26480` (GRF12) ral regulatory factor 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839189] identity=85.9; qcov=0.988; evalue=4.26e-167; confidence=high
Rice	`Os04g0462500` (GF14B) - identity=72.3; qcov=0.965; evalue=3.79e-128; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG	smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00244 (14-3-3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057810758.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057810758.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057810759.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057810758.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810759.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:54740095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C38,C75
`Chr5:54740224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,D1
`Chr5:54740240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B51,B91
`Chr5:54740254`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	121	A10,A15,A20,A21,A22,A25,A9,B1,B102,B103,B107,B109,B11,B111,B118,B119,B123,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B133,B137,B14,B140,B15,B16,B18,B19,B21,B22,B23,B27,B28,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B54,B60,B61,B63,B65,B66,B68,B72,B73,B74,B76,B78,B79,B83,B86,B87,B88,B89,B9,B91,B95,B97,B98,C12,C14,C15,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C28,C32,C33,C34,C38,C4,C40,C42,C43,C45,C46,C49,C5,C50,C51,C52,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C68,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C82,C84,C9,D11,D5,D6,D7
`Chr5:54740258`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	154	A15,A16,A18,A20,A22,A25,A4,A6,A9,B1,B102,B103,B110,B111,B112,B117,B118,B119,B120,B121,B123,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B133,B135,B137,B138,B139,B14,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B30,B32,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B52,B53,B54,B55,B57,B59,B6,B60,B61,B63,B65,B66,B68,B71,B72,B74,B75,B76,B79,B8,B83,B84,B86,B87,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B97,B98,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C3,C31,C32,C33,C34,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C48,C5,C50,C52,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C67,C68,C69,C70,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C9,D11,D2,D5,D6,D7,D9
`Chr5:54740281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,B74
`Chr5:54740282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	30	A10,A21,A24,B10,B109,B128,B13,B140,B15,B46,B5,B61,B62,B86,B97,B99,C12,C14,C22,C28,C40,C43,C49,C71,C72,C74,C76,C87,D4,D5
`Chr5:54740399`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	134	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A3,A5,A6,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B11,B112,B113,B115,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B126,B128,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B18,B20,B25,B26,B29,B3,B30,B33,B37,B4,B40,B44,B45,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B56,B58,B59,B6,B61,B62,B64,B67,B68,B69,B73,B75,B77,B78,B83,B86,B87,B88,B90,B93,B96,B97,B98,C10,C11,C15,C17,C18,C19,C22,C23,C26,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C39,C4,C40,C43,C46,C47,C53,C55,C56,C57,C59,C60,C63,C65,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C80,C83,C84,D1,D10,D7,D8,D9
`Chr5:54740403`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	133	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A3,A5,A6,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B11,B112,B113,B115,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B126,B128,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B18,B20,B25,B26,B29,B3,B30,B33,B37,B4,B40,B44,B45,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B56,B58,B59,B6,B61,B62,B64,B67,B68,B69,B73,B75,B77,B78,B83,B86,B87,B88,B90,B93,B96,B97,B98,C10,C11,C15,C17,C18,C19,C22,C23,C26,C28,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C39,C4,C40,C43,C46,C47,C53,C55,C56,C57,C59,C60,C63,C65,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C80,C83,C84,D1,D10,D7,D8,D9
`Chr5:54741405`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B35,C21,C3,C82,C85
`Chr5:54741499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B64
`Chr5:54741514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810758.1

265 aa

132

265

14-3-3

PF00244 14-3-3 13-235 aa

XP_057810759.1

261 aa

130

261

14-3-3

PF00244 14-3-3 13-235 aa

XP_057810760.1

259 aa

130

259

14-3-3

PF00244 14-3-3 13-235 aa

XP_057810761.1

258 aa

129

258

14-3-3

PF00244 14-3-3 13-235 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810758.1`	Pfam	`PF00244`	14-3-3	Repeat	13	235	1.8e-108	362.0	14-3-3 protein
`XP_057810759.1`	Pfam	`PF00244`	14-3-3	Repeat	13	235	1.7e-108	362.0	14-3-3 protein
`XP_057810760.1`	Pfam	`PF00244`	14-3-3	Repeat	13	235	1.7e-108	362.1	14-3-3 protein
`XP_057810761.1`	Pfam	`PF00244`	14-3-3	Repeat	13	235	1.7e-108	362.1	14-3-3 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954778.1
AGAGCTGAAAACACGTGTGTAATGGCGAGTTCTTCAAATTCCACGATTTGCGGCCTCAACTCCCACCAATCCAACGGCCCAGGTTTCGTCGTGCCTCCCCTCCCTCTTTCTCTCACTCCTCCCAACATCCTACATAAAAACCATCTATCTCCACTCTCCCTCATTCATTCACTCTCCGCTAAATTTTCACACACGCACGCACACGAAAAAGTCACAGTTTTCACCTTTTCTCTTTCGGATCTTCAAACTTTCGACGAAAA...

XM_057954777.1
GAAAACACGTGTGTAATGGCGAGTTCTTCAAATTCCACGATTTGCGGCCTCAACTCCCACCAATCCAACGGCCCAGGTTTCGTCGTGCCTCCCCTCCCTCTTTCTCTCACTCCTCCCAACATCCTACATAAAAACCATCTATCTCCACTCTCCCTCATTCATTCACTCTCCGCTAAATTTTCACACACGCACGCACACGAAAAAGTCACAGTTTTCACCTTTTCTCTTTCGGATCTTCAAACTTTCGACGAAAAGTTAGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131025150
ATGTCGACGGAGAAGGAGAGAGAGACTCATGTTTACATGGCTAAGCTTTCAGAACAAGCCGAGCGTTATGATGAAATGGTTGAATGTATGAAGCAAGTGGCGAAACTAGACGTCGAGCTGTCTGTGGACGAAAGAAACCTCCTCTCTGTTGGTTACAAGAATGTGATTGGCGCGCGTAGAGCTTCGTGGAGGATCATGTCCTCCATCGAGCAGAAGGAGGAGGCCAAGGGGAACGAGAACAACGTGAAGCTGATCAAGGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057810758.1
MSTEKERETHVYMAKLSEQAERYDEMVECMKQVAKLDVELSVDERNLLSVGYKNVIGARRASWRIMSSIEQKEEAKGNENNVKLIKGYRQKVEDELAGICHDILSVIDKHLIPSSGSGEATVFYYKMKGDYYRYLAEFKTDEQRKEAAEQSLKGYEAASATASTELPSTHPIRLGLALNFSVFYYEIMNSPERACHLAKQAFDEAISELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDLPEDGGKQNRLIQKRVHKCNLSK...

XP_057810759.1
MSTEKERETHVYMAKLSEQAERYDEMVECMKQVAKLDVELSVDERNLLSVGYKNVIGARRASWRIMSSIEQKEEAKGNENNVKLIKGYRQKVEDELAGICHDILSVIDKHLIPSSGSGEATVFYYKMKGDYYRYLAEFKTDEQRKEAAEQSLKGYEAASATASTELPSTHPIRLGLALNFSVFYYEIMNSPERACHLAKQAFDEAISELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDLPEDGGEENSKGDEAKEEKAEVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器