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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004090

染色体: Chr05 坐标: 54744110-54747337 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004090
名称SmilChr05G004090
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26500
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向54744110 - 54747337 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025151
GeneID131025151
locus_tag-
NCBI NameLOC131025151
原始查询SmilChr05G004090

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26500
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26500
ArabidopsisAT1G26500 (AT1G26500)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839190]
identity=61.2; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0599201
-
identity=45.1; qcov=0.91; evalue=1.73e-127; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057810762.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810762.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810762.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810762.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810762.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:54744333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B39,B86,C45
Chr5:54744442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr5:54744537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr5:54744544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr5:54744582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:54744583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:54744600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:54744655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:54744657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr5:54744667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr5:54744693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,B64
Chr5:54744720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B27,B36,B37,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810762.1
509 aa
N
1
254
509
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 178-201 aa PF12854 PPR_1 207-237 aa PF01535 PPR 216-239 aa PF01535 PPR 252-276 aa PF01535 PPR 282-312 aa PF13812 PPR_3 354-393 aa PF01535 PPR 356-381 aa PF13041 PPR_2 356-395 aa
XP_057810763.1
509 aa
N
1
254
509
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 178-201 aa PF12854 PPR_1 207-237 aa PF01535 PPR 216-239 aa PF01535 PPR 252-276 aa PF01535 PPR 282-312 aa PF13812 PPR_3 354-393 aa PF01535 PPR 356-381 aa PF13041 PPR_2 356-395 aa
XP_057810764.1
509 aa
N
1
254
509
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 178-201 aa PF12854 PPR_1 207-237 aa PF01535 PPR 216-239 aa PF01535 PPR 252-276 aa PF01535 PPR 282-312 aa PF13812 PPR_3 354-393 aa PF01535 PPR 356-381 aa PF13041 PPR_2 356-395 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810762.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 201 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810762.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 207 237 7.7e-23 80.6 PPR repeat
XP_057810762.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 216 239 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810762.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 276 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810762.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 312 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810762.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 354 393 6.4e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810762.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 356 381 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810762.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 356 395 1.4e-38 131.4 PPR repeat family
XP_057810763.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 201 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810763.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 207 237 7.7e-23 80.6 PPR repeat
XP_057810763.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 216 239 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810763.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 276 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810763.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 312 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810763.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 354 393 6.4e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810763.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 356 381 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810763.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 356 395 1.4e-38 131.4 PPR repeat family
XP_057810764.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 201 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810764.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 207 237 7.7e-23 80.6 PPR repeat
XP_057810764.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 216 239 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810764.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 276 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810764.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 312 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810764.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 354 393 6.4e-17 62.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057810764.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 356 381 5.1e-25 86.6 PPR repeat
XP_057810764.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 356 395 1.4e-38 131.4 PPR repeat family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954779.1
TTCAAAACCGAGTTTAAATGCTCACTCAATTTTACCTAAAGAAATTCAGCAGTGGCAGTGGAGATTAGAGCCAAAGACTAGATTTTGCTTTCCCAAATTTCTTCAACAAATTCCCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTTCAACAAATTCAAAGCAATGCTTCGACCCACAAAATTCACCAGACCTTCCCTAGCCCTCCTCCACTTCCACTTCCACTTCCAGTCCTTAACCACCGCCGCCGCCGCAGCAGCGCCGCCAACC...
XM_057954780.1
AGATTTTGCTTTCCCAAATTTCTTCAACAAATTCCCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTTCAACAAATTCAAAGCAATGCTTCGACCCACAAAATTCACCAGACCTTCCCTAGCCCTCCTCCACTTCCACTTCCACTTCCAGTCCTTAACCACCGCCGCCGCCGCAGCAGCGCCGCCAACCCCGATCGACGAAGCCCACCTCCTTCGGGTCTGCACAATCCTCTACCAACAGCAAAATTCCCCCGACGCAAAGCTGCACT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131025151
ATGCTTCGACCCACAAAATTCACCAGACCTTCCCTAGCCCTCCTCCACTTCCACTTCCACTTCCAGTCCTTAACCACCGCCGCCGCCGCAGCAGCGCCGCCAACCCCGATCGACGAAGCCCACCTCCTTCGGGTCTGCACAATCCTCTACCAACAGCAAAATTCCCCCGACGCAAAGCTGCACTCCAATCTCACCAAAACCCAATTCCACCTAACCCACGAATTCTTTCTTCAAGTTTGCAACAAGTTCTCACATTCATG...
LOC131025151
ATGCTTCGACCCACAAAATTCACCAGACCTTCCCTAGCCCTCCTCCACTTCCACTTCCACTTCCAGTCCTTAACCACCGCCGCCGCCGCAGCAGCGCCGCCAACCCCGATCGACGAAGCCCACCTCCTTCGGGTCTGCACAATCCTCTACCAACAGCAAAATTCCCCCGACGCAAAGCTGCACTCCAATCTCACCAAAACCCAATTCCACCTAACCCACGAATTCTTTCTTCAAGTTTGCAACAAGTTCTCACATTCATG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057810762.1
MLRPTKFTRPSLALLHFHFHFQSLTTAAAAAAPPTPIDEAHLLRVCTILYQQQNSPDAKLHSNLTKTQFHLTHEFFLQVCNKFSHSWRPVYKFHQFSTSHPHFAHTATTFNKILDVVGKSRNLDLFWALCREAGERRLVNVKTYIIALRTLAAARELKKCVEFFHLMKGFGYEYKVETFNTVIEVLCRSKLAEEARHVVVKLRDWIRPDSDTYRWLIHGFCDVGDLIEASKLWNLMVEEEGLEPCVEVVELMLEGLFKKN...
XP_057810763.1
MLRPTKFTRPSLALLHFHFHFQSLTTAAAAAAPPTPIDEAHLLRVCTILYQQQNSPDAKLHSNLTKTQFHLTHEFFLQVCNKFSHSWRPVYKFHQFSTSHPHFAHTATTFNKILDVVGKSRNLDLFWALCREAGERRLVNVKTYIIALRTLAAARELKKCVEFFHLMKGFGYEYKVETFNTVIEVLCRSKLAEEARHVVVKLRDWIRPDSDTYRWLIHGFCDVGDLIEASKLWNLMVEEEGLEPCVEVVELMLEGLFKKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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