Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004118`

染色体: Chr05 坐标: 55099580-55102960 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004118`
名称	SmilChr05G004118
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g01970
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55099580 - 55102960 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025177`
GeneID	`131025177`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025177`
原始查询	`SmilChr05G004118`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g01970
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g01970
Arabidopsis	`AT1G01970` (AT1G01970) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839299] identity=61; qcov=0.807; evalue=1.02e-145; confidence=high
Rice	`Os07g0661900` (P0453E03.112) - identity=54.9; qcov=0.817; evalue=3.76e-120; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025177

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057810798.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057810798.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810798.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810798.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810798.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55101798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr5:55101799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C45
`Chr5:55102161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr5:55102189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr5:55102275`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B129,C74
`Chr5:55102400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:55102506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C20,C85
`Chr5:55102523`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810798.1

404 aa

202

404

PPR

PPR_2

PPR_long

TPR_24

PPR_3

PPR

TPR_24

PPR

PF01535 PPR 162-190 aa PF13041 PPR_2 162-204 aa PF17177 PPR_long 172-281 aa PF23276 TPR_24 177-288 aa PF13812 PPR_3 182-222 aa PF01535 PPR 195-225 aa PF23276 TPR_24 199-323 aa PF01535 PPR 231-258 aa PF01535 PPR 304-329 aa PF01535 PPR 340-365 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	162	190	3.3e-28	96.6	PPR repeat
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	162	204	3.3e-28	98.3	PPR repeat family
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF17177`	PPR_long	Repeat	172	281	1.3e-12	48.3	Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF23276`	TPR_24	Repeat	177	288	4.9e-18	66.0	Pentatricopeptide repeat-containing protein
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	182	222	4.4e-19	69.0	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	195	225	3.3e-28	96.6	PPR repeat
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF23276`	TPR_24	Repeat	199	323	4.9e-18	66.0	Pentatricopeptide repeat-containing protein
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	231	258	3.3e-28	96.6	PPR repeat
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	304	329	3.3e-28	96.6	PPR repeat
`XP_057810798.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	340	365	3.3e-28	96.6	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954815.1
GCAACAAATTCCATTAAAAAAAAAGGAAGAAAAAAGTCTGCGACAAATTCTGGTAAATTCGAAGTCAAAATCCTAAGTAAAATTTGGTGTTTTACTTTTTACTGAGTGAATGCTCCTTTGCTCGTATCAATGAAATCCATGTAACCATCACCAGTTAGGTTTTTCTTCAATCGATTATGGCTTATTTCGCGCCTAAATTTTCCATCACGCCCAGCCCCATCTGCACATCCGCCTACAAAACTTCCATTCCCCTTCGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025177
ATGGCTTATTTCGCGCCTAAATTTTCCATCACGCCCAGCCCCATCTGCACATCCGCCTACAAAACTTCCATTCCCCTTCGCAGCTCACCTTTCGGAGCTCGGAAACCCCCCGACTCCCACCTGCTTCTGGCTTTCAATCGCGGCGGAGATAGTGGAAATGGAGTTAGAGAGATGGAGAGACCACCGGCGCTGAAGCGGGTTAGGGCGAGCCCCAATTTGAGCGAGGAGCAGAAGCTTGCTATCTCTCAACTGCCGCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810798.1
MAYFAPKFSITPSPICTSAYKTSIPLRSSPFGARKPPDSHLLLAFNRGGDSGNGVREMERPPALKRVRASPNLSEEQKLAISQLPPKMTNRCKALMKQITCFSAENGSVPRMLAFWVRNTKPQRADWLAVLKELERLNHFLYFEVAEYAFTEESFEASIRDYTKIIHGYAKQDKLGEAERALEAMKNRGFMCDQVTLTALVHMYSKAGNLKLAEDTFEEMKLLGVPLDKRSYGSIVMAYIRAGKLTSAESSLREMEARQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器