当前解析结果
SmilChr05G004128| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004128 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004128 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G004128 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 55196339 - 55198776 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026138 |
|---|---|
| GeneID | 131026138 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026138 |
| 原始查询 | SmilChr05G004128 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=31.9; qcov=0.417; evalue=2.29e-38; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=33.3; qcov=0.542; evalue=1.28e-64; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026138 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811890.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057811890.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057811890.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811890.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811890.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:55196390 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,C20 |
Chr5:55196400 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,C35,C45 |
Chr5:55196407 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr5:55196516 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | A24,A5,B102,B121,B139,B90,B92,C11,C19,C26,C3,C5,C54,C64,C66,C69,C77 |
Chr5:55196517 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A4,B128,B25,B3,B61,B97,C43,C71,C8 |
Chr5:55196534 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B36,B37,B40 |
Chr5:55196583 |
G |
GTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A5,B114,B127,B15,B26,B29,B37,B45,B47,B60,B68,B74,B88,B96,C10,C33,C40,C70,C8 |
Chr5:55196589 |
TTA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A5,B114,B127,B15,B26,B29,B37,B45,B47,B60,B68,B74,B88,B96,C33,C40,C70,C73,C8 |
Chr5:55196594 |
T |
TCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A4,B128,B25,B3,B61,B97,C43,C71 |
Chr5:55196604 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B95,C14 |
Chr5:55196604 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B95,C14 |
Chr5:55196611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811890.1PF00078
RVT_1 7-197 aa
PF13966
zf-RVT 461-541 aa
PF13456
RVT_3 604-712 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811890.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 7 | 197 | 3.6e-11 | 44.1 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057811890.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 461 | 541 | 2.2e-11 | 44.9 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057811890.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 604 | 712 | 1.3e-17 | 64.5 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。