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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004138

染色体: Chr05 坐标: 55358972-55362019 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004138
名称SmilChr05G004138
描述protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55358972 - 55362019 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026141
GeneID131026141
locus_tag-
NCBI NameLOC131026141
原始查询SmilChr05G004138

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like
产物protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like
ArabidopsisAT4G28080 (AT4G28080)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828923]
identity=81.8; qcov=0.611; evalue=2.74e-49; confidence=medium
RiceOs04g0645100 (FLO2)
-
identity=82.8; qcov=0.611; evalue=2.03e-51; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006996 (organelle organization)
KEGG-
PfamPF13374 (TPR_10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811893.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811893.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057811893.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057811893.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811893.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811893.1
162 aa
N
1
81
162
TPR_10
C
PF13374 TPR_10 42-82 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811893.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 42 82 2.3e-10 40.9 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955910.1
TTTTCACCCCAAGAAAAACAAAGTTGCGTCCCGCCGTCTGAAGCTAGCAGCCGGGTCGTCCCGCCGCCCTCCACCACAATCTTCGTCGGACTGCTACTCAGTCGGAAATCATTATCTCCTGCTGTCCGCCGCCCTCTGCCACAATCTCCGCCAGATCTGCGATTCCAATCGCCGGCAACCAAGATGTCCACTCCGCATGTCGCCTTTCCATTGCTGTCCAAAGTCACCGCCGCCGTGAAGAGCCATCAACGCGAAGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026141
ATGAAGAGCTATGGGGATCTATCAGTATTTTATTATCGCCTTCAGCATATTGAATTGGCTCTGAAATATGTCAACCGTGCATTGTTTCTTCTCCATTTCACATGTGGGCTTTCTCACCCAAATACAGCAGCTACTTACATAAATGTAGCTATGATGGAAGAAGGCATGGGAAATGTTCATGTTGCTCTCAGATATCTACATGAAGCCCTTAAGTGCAACCAAAGACTATTAGGAGCGGATCACATCCAGGTTATAGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811893.1
MKSYGDLSVFYYRLQHIELALKYVNRALFLLHFTCGLSHPNTAATYINVAMMEEGMGNVHVALRYLHEALKCNQRLLGADHIQVIAENQSFSGIPILRSTEGLFFFFQFLGLKKTLIKLFYFDFYCLVQKMKEELKRLKDENTTLTRDHKAKKLDRRPKQTI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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