当前解析结果
SmilChr05G004138| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004138 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004138 |
| 描述 | protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 55358972 - 55362019 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026141 |
|---|---|
| GeneID | 131026141 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026141 |
| 原始查询 | SmilChr05G004138 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like |
| 产物 | protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 3-like |
| Arabidopsis | AT4G28080 (AT4G28080)Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828923] identity=81.8; qcov=0.611; evalue=2.74e-49; confidence=medium |
| Rice | Os04g0645100 (FLO2)- identity=82.8; qcov=0.611; evalue=2.03e-51; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006996 (organelle organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13374 (TPR_10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026141 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057811893.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057811893.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057811893.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057811893.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811893.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811893.1PF13374
TPR_10 42-82 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811893.1 |
Pfam | PF13374 |
TPR_10 | Repeat | 42 | 82 | 2.3e-10 | 40.9 | Tetratricopeptide repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。