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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004158

染色体: Chr05 坐标: 55494715-55498328 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004158
名称SmilChr05G004158
描述uncharacterized SmilChr05G004158
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55494715 - 55498328 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025213
GeneID131025213
locus_tag-
NCBI NameLOC131025213
原始查询SmilChr05G004158

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837991]; symbol=AT1G14300; hit=AT1G14300; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837991]; symbol=AT1G14300; hit=AT1G14300; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G14300 (AT1G14300)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837991]
identity=70.5; qcov=1; evalue=1.41e-171; confidence=high
RiceOs10g0406800
-
identity=57.6; qcov=1.02; evalue=1.02e-125; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04063 (DUF383); PF04064 (DUF384)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057810850.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057810850.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057810850.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810850.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810850.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55494963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr5:55495139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C60
Chr5:55496568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:55496845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr5:55497322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:55497903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B119,B65
Chr5:55498214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810850.1
336 aa
N
1
168
336
DUF383
DUF384
C
PF04063 DUF383 101-269 aa PF04064 DUF384 276-325 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810850.1 Pfam PF04063 DUF383 Repeat 101 269 2e-37 129.5 Domain of unknown function (DUF383)
XP_057810850.1 Pfam PF04064 DUF384 Family 276 325 2.1e-13 50.6 Domain of unknown function (DUF384)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954867.1
TTGACCTCTAATTAAATTTAACTCATTTCCTCTGCAACTGCTAGTCGTTGCTCAAAAACCTTCGAGCAGCAGCAGCAATGGCGACGGAGCTAGAAGAACTCATCGGCTTTCTCTCACATGATTCTCCACCTATTAAAAAGGCCGCGGTAAATATTTTTCGGGATTATACGGGTTCAGAAGATGGACTACAGTCTCTCGGGAAATATTCCGCCGTCGCCGTTCCGTCGCTGTGCCGCCTCCTTGCTGAGAAAAAGGAAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025213
ATGGCGACGGAGCTAGAAGAACTCATCGGCTTTCTCTCACATGATTCTCCACCTATTAAAAAGGCCGCGGTAAATATTTTTCGGGATTATACGGGTTCAGAAGATGGACTACAGTCTCTCGGGAAATATTCCGCCGTCGCCGTTCCGTCGCTGTGCCGCCTCCTTGCTGAGAAAAAGGAAGTGTCTGAACCTGCCGCAGAAGCCCTTGTTAATTTGTCGCAAGTTCCAGATTTAGCGGGAAAGATGGTTGAGATGGGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810850.1
MATELEELIGFLSHDSPPIKKAAVNIFRDYTGSEDGLQSLGKYSAVAVPSLCRLLAEKKEVSEPAAEALVNLSQVPDLAGKMVEMGIVKIVMDMLYKIDCDIKHLLVMLIVNITQLDAGIESLLQNGDEKMQGLYIMKLVRSFCASSSERKGDDPFEHVASILVNISQKEAGRKLLLEPKRGLLKQIIRQFDSPSPLRKKGVSGTIRNCCFEAENQLQNLLLVSEFLWPALLLPVAGNKIYSEQDTSKMPPELGSALSIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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