当前解析结果
SmilChr05G004159| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004159 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004159 |
| 描述 | probable hexosyltransferase MUCI70 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 55499455 - 55503937 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025215 |
|---|---|
| GeneID | 131025215 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025215 |
| 原始查询 | SmilChr05G004159 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable hexosyltransferase MUCI70 |
| 产物 | probable hexosyltransferase MUCI70 |
| Arabidopsis | AT2G02910 (AT2G02910)transmembrane protein (DUF616) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814821] identity=60.2; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0531500- identity=44; qcov=0.822; evalue=3.41e-92; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04765 (TOD1_MUCI70) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025215 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057810851.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057810851.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057810851.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810851.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810851.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:55500294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B119,B65 |
Chr5:55501616 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr5:55501754 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B55,B67,C23,C41 |
Chr5:55501799 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C40,C8 |
Chr5:55502438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C40,C8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810851.1PF04765
TOD1_MUCI70 141-446 aa
XP_057810852.1PF04765
TOD1_MUCI70 141-446 aa
XP_057810853.1PF04765
TOD1_MUCI70 134-439 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810851.1 |
Pfam | PF04765 |
TOD1_MUCI70 | Domain | 141 | 446 | 6.5e-143 | 476.4 | TOD1/MUCI70, glycosyltransferase-like domain |
XP_057810852.1 |
Pfam | PF04765 |
TOD1_MUCI70 | Domain | 141 | 446 | 6.5e-143 | 476.4 | TOD1/MUCI70, glycosyltransferase-like domain |
XP_057810853.1 |
Pfam | PF04765 |
TOD1_MUCI70 | Domain | 134 | 439 | 6.2e-143 | 476.5 | TOD1/MUCI70, glycosyltransferase-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。