Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004160

染色体: Chr05 坐标: 55504979-55507681 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004160
名称SmilChr05G004160
描述uncharacterized SmilChr05G004160
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55504979 - 55507681 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025217
GeneID131025217
locus_tag-
NCBI NameLOC131025217
原始查询SmilChr05G004160

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837992]; symbol=AT1G14310; hit=AT1G14310; species=arabidopsis; confidence=high
产物Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837992]; symbol=AT1G14310; hit=AT1G14310; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G14310 (AT1G14310)
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837992]
identity=72.1; qcov=0.833; evalue=1.06e-118; confidence=high
RiceOs08g0169800
-
identity=69.2; qcov=0.829; evalue=1.19e-110; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00702 (Hydrolase); PF13242 (Hydrolase_like); PF13419 (HAD_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057810856.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057810856.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810856.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810856.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810856.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55505234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B28,D5
Chr5:55505264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:55505266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:55505267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B4,B7,B91
Chr5:55505311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B56,B96
Chr5:55505473 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C26
Chr5:55506425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B138,C47
Chr5:55506759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr5:55506768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B48,B94,C46
Chr5:55506896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr5:55506904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr5:55507256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810856.1
261 aa
N
1
130
261
Hydrolase
HAD_2
Hydrolase_like
C
PF00702 Hydrolase 49-236 aa PF13419 HAD_2 127-239 aa PF13242 Hydrolase_like 198-250 aa
XP_057810857.1
258 aa
N
1
129
258
Hydrolase
HAD_2
Hydrolase_like
C
PF00702 Hydrolase 49-233 aa PF13419 HAD_2 124-236 aa PF13242 Hydrolase_like 195-247 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810856.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 49 236 5.2e-19 70.1 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057810856.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 127 239 5.8e-15 56.5 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057810856.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 198 250 1.2e-06 29.0 HAD-hyrolase-like
XP_057810857.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 49 233 1e-18 69.1 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057810857.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 124 236 4.8e-15 56.7 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057810857.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 195 247 7.5e-07 29.7 HAD-hyrolase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954873.1
GCAGACAACCAAACACACCCTTATTGATGCTCTCGTGTTCGTCACCTGCAACAAACAGCTGCGCGAATCAGTAATGGAGGCCGCCACTCTCTTCAGAGCCGTTAAACCCTCCCGTTTCAAGCTCCCAAAACCCACTCCCCTCCGATTCTCCTCCACTTCCTCCGCCCCCACAATTCACAGAGGCAACGACGGAAAGCGTGAGAAGGCGTATGGCGGGCTGTTGCTGGACGCCGGCGGCACATTGCTGCAATTGGCGAAGC...
XM_057954874.1
CAGACAACCAAACACACCCTTATTGATGCTCTCGTGTTCGTCACCTGCAACAAACAGCTGCGCGAATCAGTAATGGAGGCCGCCACTCTCTTCAGAGCCGTTAAACCCTCCCGTTTCAAGCTCCCAAAACCCACTCCCCTCCGATTCTCCTCCACTTCCTCCGCCCCCACAATTCACAGAGGCAACGACGGAAAGCGTGAGAAGGCGTATGGCGGGCTGTTGCTGGACGCCGGCGGCACATTGCTGCAATTGGCGAAGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131025217
ATGGAGGCCGCCACTCTCTTCAGAGCCGTTAAACCCTCCCGTTTCAAGCTCCCAAAACCCACTCCCCTCCGATTCTCCTCCACTTCCTCCGCCCCCACAATTCACAGAGGCAACGACGGAAAGCGTGAGAAGGCGTATGGCGGGCTGTTGCTGGACGCCGGCGGCACATTGCTGCAATTGGCGAAGCCGGTTGAGGAAATTTACTTCACCATCGGCGCGAAATACGTTTTTGCAGGTGTGCAGTCAACTGCAGCTGATAT...
LOC131025217
ATGGAGGCCGCCACTCTCTTCAGAGCCGTTAAACCCTCCCGTTTCAAGCTCCCAAAACCCACTCCCCTCCGATTCTCCTCCACTTCCTCCGCCCCCACAATTCACAGAGGCAACGACGGAAAGCGTGAGAAGGCGTATGGCGGGCTGTTGCTGGACGCCGGCGGCACATTGCTGCAATTGGCGAAGCCGGTTGAGGAAATTTACTTCACCATCGGCGCGAAATACGGTGTGCAGTCAACTGCAGCTGATATAAAGCAAGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810856.1
MEAATLFRAVKPSRFKLPKPTPLRFSSTSSAPTIHRGNDGKREKAYGGLLLDAGGTLLQLAKPVEEIYFTIGAKYVFAGVQSTAADIKQGFKRAFSAPWHHKLRYQGDGKPFWRHVVSEATGCDNVDYFEEVYEYYANGEAWHLPRGAHEAMLSLKDSGVKLAVVSNFDSRLRKLLEDLNVLHLFDAVIISSEVGYEKPDERIFRAALDQICVETSKAVHVGDDATADKAGANAVGIDCWLWGKDVRSFSDIESRILQSE...
XP_057810857.1
MEAATLFRAVKPSRFKLPKPTPLRFSSTSSAPTIHRGNDGKREKAYGGLLLDAGGTLLQLAKPVEEIYFTIGAKYGVQSTAADIKQGFKRAFSAPWHHKLRYQGDGKPFWRHVVSEATGCDNVDYFEEVYEYYANGEAWHLPRGAHEAMLSLKDSGVKLAVVSNFDSRLRKLLEDLNVLHLFDAVIISSEVGYEKPDERIFRAALDQICVETSKAVHVGDDATADKAGANAVGIDCWLWGKDVRSFSDIESRILQSEP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器