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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004167

染色体: Chr05 坐标: 55571328-55572346 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004167
名称SmilChr05G004167
描述uncharacterized SmilChr05G004167
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55571328 - 55572346 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025222
GeneID131025222
locus_tag-
NCBI NameLOC131025222
原始查询SmilChr05G004167

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger CCHC domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839582]; symbol=AT1G26920; hit=AT1G26920; species=arabidopsis; confidence=medium
产物zinc finger CCHC domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839582]; symbol=AT1G26920; hit=AT1G26920; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G26920 (AT1G26920)
zinc finger CCHC domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839582]
identity=41.6; qcov=1.11; evalue=6.87e-29; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025222

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810862.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810862.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810862.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810862.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057810862.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55571604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B1,B101,C4
Chr5:55571814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr5:55571821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B4,B7,C76
Chr5:55571823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B19,B38,B39
Chr5:55571829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr5:55571845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B93
Chr5:55572030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B114,B4,B7,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954879.1
GCCGACTAAAAAAAGATAGCCACTACAAAACCACTCCAATTTTTTCCATTTGCATTAATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACCAAAAAGCTGAGAGAAGAGCTAATTAATTATTCATATCTACACATTTACACACTTCACTCATTTGACCGCGACTCCATTTGTCTATATAAACCTTTCAAACCCCCTTCTCTCTCCTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCATCTCTCTCCGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025222
ATGGCGGAAACCCCAACCAAACGCCTCCGACAAGAGACCCCCGGCCTCGAAGATTCATCGAATTCGAAGCGCCACAAACCCTACACCACCATTCTCTCTCTCCTCGACGACGACGAAGAAACCCTAGAACAAAATCAGGACCTCTCCGCCATATTCACCACCCTAGAGCAAGAGCTCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAGAATTCGATTCCCCGCCGCCGCAGCCGGAGGCTGCCGAGGAAGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810862.1
MAETPTKRLRQETPGLEDSSNSKRHKPYTTILSLLDDDEETLEQNQDLSAIFTTLEQELSSSAAAAAAAAAEFDSPPPQPEAAEEDDGGAKSVMRHLLEASDDELGIPNYSSEENLNNDTINIGLIKSDENISFNFFDNGLWEFDDVAANYYAILQSELFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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