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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004168

染色体: Chr05 坐标: 55587514-55590424 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004168
名称SmilChr05G004168
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP11-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55587514 - 55590424 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025224
GeneID131025224
locus_tag-
NCBI NameLOC131025224
原始查询SmilChr05G004168

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein SKIP11-like
产物F-box/kelch-repeat protein SKIP11-like
ArabidopsisAT2G02870 (AT2G02870)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814818]
identity=61.1; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0171600 (OsFBK12)
-
identity=54.9; qcov=1; evalue=4.83e-174; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF01344 (Kelch_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810863.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810863.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810863.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810863.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057810863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55588028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr5:55588046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr5:55588112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,A7,B131,C15,C79
Chr5:55588270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr5:55588304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:55588382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr5:55588448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B101,B104,B115,C4
Chr5:55588481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr5:55588526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr5:55588548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C15
Chr5:55588754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr5:55588784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810863.1
450 aa
N
1
225
450
Kelch_1
Kelch_1
C
PF01344 Kelch_1 231-277 aa PF01344 Kelch_1 279-326 aa
XP_057810864.1
450 aa
N
1
225
450
Kelch_1
Kelch_1
C
PF01344 Kelch_1 231-277 aa PF01344 Kelch_1 279-326 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810863.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 231 277 2.7e-30 104.2 Kelch motif
XP_057810863.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 279 326 2.7e-30 104.2 Kelch motif
XP_057810864.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 231 277 2.7e-30 104.2 Kelch motif
XP_057810864.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 279 326 2.7e-30 104.2 Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954880.1
TTTGCTATAACCAGATTAGAAATTGTAGGTTAAGTCCTTACAACCTAAGATAGCAAGATCCTCTTTTTAGCCGTTTCAGATGAAAATTAGATTTTTTTACCGTCTGTCTGAATAAATCGCCTGCGTTAAACCGAGGAAAATTACATATATAAAGGGGAGAAAGAAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGGGGGTCCTCAAAGATTATGCTCCAAAGCCAAAGCCCAAAGCCTTTGCTTTGATTTTGCAGAGAGA...
XM_057954881.1
GAAATTGTAGGTTAAGTCCTTACAACCTAAGATAGCAAGATCCTCTTTTTAGCCGTTTCAGATGAAAATTAGATTTTTTTACCGTCTGTCTGAATAAATCGCCTGCGTTAAACCGAGGAAAATTACATATATAAAGGGGAGAAAGAAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGAGAGGGGGTCCTCAAAGATTATGCTCCAAAGCCAAAGCCCAAAGCCTTTGCTTTGATTTTGCAGAGAGAATCCAAAGGATTTCTCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131025224
ATGCTGGAAGAGCGGGCTTGTTTGGTGTCGAGGGACTATTCACGTAGTTGTGACCGAAAAGGCAGCTGGCCTTACGCGAGTTTGAGGTTGGAGCAGGCCGAGATTCAGCAGACGAAGCGGCCACTAGAGGAGATAAATAGGGGTGAGGAGATTGAACTTGGTGTTAGGAAACTGCCTAAGCGATCCTTTGATCAAATGGATTCTGCTACGCCGATTGGTGGGATAGTAAATGCGGCCTTGGCCCAATCCGAGCAGTCTAG...
LOC131025224
ATGCTGGAAGAGCGGGCTTGTTTGGTGTCGAGGGACTATTCACGTAGTTGTGACCGAAAAGGCAGCTGGCCTTACGCGAGTTTGAGGTTGGAGCAGGCCGAGATTCAGCAGACGAAGCGGCCACTAGAGGAGATAAATAGGGGTGAGGAGATTGAACTTGGTGTTAGGAAACTGCCTAAGCGATCCTTTGATCAAATGGATTCTGCTACGCCGATTGGTGGGATAGTAAATGCGGCCTTGGCCCAATCCGAGCAGTCTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810863.1
MLEERACLVSRDYSRSCDRKGSWPYASLRLEQAEIQQTKRPLEEINRGEEIELGVRKLPKRSFDQMDSATPIGGIVNAALAQSEQSRSRRHAGDNSNMSSLIGAIGRDLSISCLIKCSRADYGAIASLNRSFRSLVRTGELYRLRRQNKVVEHWVYLSCQLLEWEAFDPNRRKWMRLPRMDPNDCFVFADKESLAVGTELLVFGRDLMSHVIYRYSLLTNTWTTGMRMNAPRCLFGSASLGEIAILAGGCDSNGNVLSSA...
XP_057810864.1
MLEERACLVSRDYSRSCDRKGSWPYASLRLEQAEIQQTKRPLEEINRGEEIELGVRKLPKRSFDQMDSATPIGGIVNAALAQSEQSRSRRHAGDNSNMSSLIGAIGRDLSISCLIKCSRADYGAIASLNRSFRSLVRTGELYRLRRQNKVVEHWVYLSCQLLEWEAFDPNRRKWMRLPRMDPNDCFVFADKESLAVGTELLVFGRDLMSHVIYRYSLLTNTWTTGMRMNAPRCLFGSASLGEIAILAGGCDSNGNVLSSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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