Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004177`

染色体: Chr05 坐标: 55694135-55697558 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004177`
名称	SmilChr05G004177
描述	SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55694135 - 55697558 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025232`
GeneID	`131025232`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025232`
原始查询	`SmilChr05G004177`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-1-like
产物	SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-1-like
Arabidopsis	`AT1G69800` (AT1G69800) Cystathionine beta-synthase (CBS) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843316] identity=68.1; qcov=0.837; evalue=8.53e-150; confidence=high
Rice	`Os04g0382300` (OsCBSCBS3) - identity=35.9; qcov=0.757; evalue=3.1e-64; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00571 (CBS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057810879.1`
2	Lipid droplet	脂滴	0.40000	`XP_057810879.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057810879.1`
4	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057810882.1`
5	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057810882.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55694418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B105,B136,C8,C84
`Chr5:55694436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,B71,C2
`Chr5:55694494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C14,C33,C58,C72,D5
`Chr5:55694556`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr5:55694584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B24,B8,C19,D6
`Chr5:55695010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B101,B115,B81
`Chr5:55695093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr5:55695097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr5:55695171`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,B61
`Chr5:55695172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B62
`Chr5:55695488`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:55695507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810879.1

445 aa

222

445

CBS

PF00571 CBS 290-342 aa PF00571 CBS 376-421 aa

XP_057810880.1

445 aa

222

445

CBS

PF00571 CBS 290-342 aa PF00571 CBS 376-421 aa

XP_057810881.1

445 aa

222

445

CBS

PF00571 CBS 290-342 aa PF00571 CBS 376-421 aa

XP_057810882.1

423 aa

212

423

CBS

PF00571 CBS 290-342 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810879.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	290	342	4.3e-28	98.1	CBS domain
`XP_057810879.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	376	421	4.3e-28	98.1	CBS domain
`XP_057810880.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	290	342	4.3e-28	98.1	CBS domain
`XP_057810880.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	376	421	4.3e-28	98.1	CBS domain
`XP_057810881.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	290	342	4.3e-28	98.1	CBS domain
`XP_057810881.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	376	421	4.3e-28	98.1	CBS domain
`XP_057810882.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	290	342	2.8e-18	66.7	CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954899.1
GCCTATAATCATGTAATTACTCATCAGGATTAATATATATACCTATCATTTATCTTTTCGTAAACATAAATCTTACAATCGAACCATATAAATTCGGTATAACACTGCATGTATTTAAATAAATAGATAGATATGAAAAGTATGTATTTATTACACTACATCCACTATAACACCTTAAAATTAGTTCTGAGATCGCTATTTATAGTAATTAATGTACAAAAATAGAAATTCAATAGCATGTACGAGGATTATGCCCTGAC...

XM_057954898.1
CTATAATCATGTAATTACTCATCAGGATTAATATATATACCTATCATTTATCTTTTCGTAAACATAAATCTTACAATCGAACCATATAAATTCGGTATAACACTGCATGTATTTAAATAAATAGATAGATATGAAAAGTATGTATTTATTACACTACATCCACTATAACACCTTAAAATTAGTTCTGAGATCGCTATTTATAGTAATTAATGTACAAAAATAGAAATTCAATAGCATGTACGAGGATTATGCCCTGACAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131025232
ATGGCAGCGAAGGCGAAGCAAGAATCGAAGAGCGGGAAGGACGAGAGCTACGACGCCTATTTTGATACGGTGCAGAGCAGAAAGAAGCTCCCCTGCGCCTTGCAGGAGAAGCTGACATCTGCGTTTGCAAAAATCCCCGTCTCGTCCTTCCCTAAAGTCCCCGGTGGGAAAGTTATCGAGATTCAAGCCGACATGTCGATAGGCGACGCCGTTAGGGTGTTGTCCGAGACCAACATTCTGTCGGCCCCGGTACTCGACCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057810879.1
MAAKAKQESKSGKDESYDAYFDTVQSRKKLPCALQEKLTSAFAKIPVSSFPKVPGGKVIEIQADMSIGDAVRVLSETNILSAPVLDPAASDSKDWRKRYLGIVDYSAIVLWVLQTAEIAAVTLSATSAAAAGVGTAAAGTIGALALGATGPLAVAGLTVAAVGAAVAGGVAADRGMGRDAPTAADKLGKDFYKVILYEEPFKSTTVRSILKSYRWVPFVPVGPDSSMLSVMLLLSKYRLRNVPVIELGSPSINNFITQSA...

XP_057810880.1
MAAKAKQESKSGKDESYDAYFDTVQSRKKLPCALQEKLTSAFAKIPVSSFPKVPGGKVIEIQADMSIGDAVRVLSETNILSAPVLDPAASDSKDWRKRYLGIVDYSAIVLWVLQTAEIAAVTLSATSAAAAGVGTAAAGTIGALALGATGPLAVAGLTVAAVGAAVAGGVAADRGMGRDAPTAADKLGKDFYKVILYEEPFKSTTVRSILKSYRWVPFVPVGPDSSMLSVMLLLSKYRLRNVPVIELGSPSINNFITQSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器