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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004178`

染色体: Chr05 坐标: 55698819-55702175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004178`
名称	SmilChr05G004178
描述	pectate lyase-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	55698819 - 55702175 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025236`
GeneID	`131025236`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025236`
原始查询	`SmilChr05G004178`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pectate lyase-like
产物	pectate lyase-like
Arabidopsis	`AT3G01270` (AT3G01270) Pectate lyase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821142] identity=53.7; qcov=1.07; evalue=2.06e-175; confidence=high
Rice	`Os02g0214400` (OsPLL3) - identity=52.6; qcov=0.955; evalue=2.85e-158; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4); PF04431 (Pec_lyase_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025236

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057810886.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810886.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810886.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810886.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810886.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:55699009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B4,B7
`Chr5:55699012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr5:55699063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:55699095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:55699108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B99,C35,C42,C87
`Chr5:55699135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B73,C28,C38,C41
`Chr5:55699414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr5:55699447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr5:55699456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:55699489`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr5:55699540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:55699564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810886.1

442 aa

221

442

Pec_lyase_N

Pectate_lyase_4

PF04431 Pec_lyase_N 29-81 aa PF00544 Pectate_lyase_4 171-370 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810886.1`	Pfam	`PF04431`	Pec_lyase_N	Family	29	81	2.4e-16	60.5	Pectate lyase, N terminus
`XP_057810886.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	171	370	1e-20	74.8	Pectate lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954903.1
TCTTTGAAATCTTCATTGTTGTCTCCTACAGCGATAGGCGAATCGCTGGTGCGAACTTTTTCCAGTGGTTCGCAACTGAGAAAATAATGATATAGAATAAAAATATATATATTTTCAAAAAATAAAAGAAAAGCATTATATGATAGCTCCAATGGCGCTCACAAATTATAAACTATCTATATTTCTTTTGTGCATCTTGCTGCCGCTCGCAGCTCAGGCTAAAATCGCCGATTTCGACGAATATTTGCAAAAGAAGGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025236
ATGATAGCTCCAATGGCGCTCACAAATTATAAACTATCTATATTTCTTTTGTGCATCTTGCTGCCGCTCGCAGCTCAGGCTAAAATCGCCGATTTCGACGAATATTTGCAAAAGAAGGCTGCGGAATCGTACGAGGAATCCTTGAACTCGTTCGATCCCAACCCCGAAGGCGTGACCGATGATTTCAACATGATGGTTGGCAAGGCCTTGATCGGTACCAAAAACGCGACGAGGAGAAATCTCCGTAACGAGGATGGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810886.1
MIAPMALTNYKLSIFLLCILLPLAAQAKIADFDEYLQKKAAESYEESLNSFDPNPEGVTDDFNMMVGKALIGTKNATRRNLRNEDGCKATNPIDRCWRCDQNWDKNRKRLAECGAGFGYRTTGGKEGRYYVVHDPSDDDMVNPRPGTLRHAVTQSEPLWIVFAHSMVIRLKQELIVSSHKTIDGRGVQVHVAYGAGITLQFVQNVIIHNIWIHNIVPASGGTIRDAVDHVGLRTQSDGDAITVFSSSNVWLDHISLSKAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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