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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004194

染色体: Chr05 坐标: 55820332-55821366 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004194
名称SmilChr05G004194
描述uncharacterized SmilChr05G004194
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55820332 - 55821366 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026153
GeneID131026153
locus_tag-
NCBI NameLOC131026153
原始查询SmilChr05G004194

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0587600
-
identity=66.7; qcov=0.096; evalue=8.94e-09; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026153

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057811904.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811904.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811904.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811904.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811904.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55820351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr5:55820555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr5:55820658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:55820664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C41
Chr5:55820665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:55820673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C74
Chr5:55820689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C41
Chr5:55820700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr5:55820755 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 13 B108,B133,B17,B25,B36,B67,B92,C14,C15,C20,C3,C38,C53
Chr5:55820765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,B76
Chr5:55820775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C25
Chr5:55820777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B36,C14,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955921.1
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGTGATTTGAGTGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATTTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTACCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTACTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026153
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGTGATTTGAGTGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATTTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTACCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTACTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811904.1
MSDINKREFTELALDGGNYLTWALDVEIYLASCDLSDAIVPDSSCSSAQKAKALIFLRHHLNKDLKNEYLTEKDPVVLWQSLKDRFDQQKAIILPQAQYDWLNLRFQDFKSVIEYNSTLHRIVSQLKLCKQEVTEIDLIEKTLSTFHASNLVLQQQYRAKNYTRHSELISALLVAEKHNQLLMRNHNARPVGSQAVPEAHATTYRGGRGRGRGKANWSQRGGRGWSYRGGRGRGRGRGYNHIARFQSHGKGSHKTSHPQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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