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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004197

染色体: Chr05 坐标: 55832925-55836929 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004197
名称SmilChr05G004197
描述uncharacterized SmilChr05G004197
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55832925 - 55836929 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025250
GeneID131025250
locus_tag-
NCBI NameLOC131025250
原始查询SmilChr05G004197

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CW14 protein (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842255]; symbol=CW14; hit=AT1G59650; species=arabidopsis; confidence=high
产物CW14 protein (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842255]; symbol=CW14; hit=AT1G59650; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G59650 (CW14)
CW14 protein (DUF1336) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842255]
identity=58.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0693000
-
identity=51.7; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07059 (EDR2_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025250

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057810902.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057810902.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057810902.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810902.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810902.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55833031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B77
Chr5:55833224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:55833250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:55833269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr5:55833517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr5:55833518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:55833548 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr5:55833557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:55833586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr5:55833651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr5:55833904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C62,C73
Chr5:55833934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B41,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810902.1
531 aa
N
1
266
531
EDR2_C
C
PF07059 EDR2_C 275-516 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810902.1 Pfam PF07059 EDR2_C Domain 275 516 5.5e-55 187.2 Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954919.1
ATTTCCATTTTTCCAATAGATAAATAAATAATAAATAAATATAAAAATAAATGTTCATCTTCGTATAAATTTGACTTCTCTCACAGTTAAAATCCTTTTCTTTTGCCGGAGAGCTCTCAGAAAAATCACGAATTCCCCCCTTTTTTTCACACACAGAATGCGCGCATTTATTAGCGCGATATGATTGATGATTATATAAAATCGGTTTGTGAATCTCCATGGAATAGAAGGAGATTCAATGCAGTAATTGGCGAGGAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025250
ATGGGGGCGTGTGTTTCCCGGCCGGAAAATTGCGTCGGGTTTAAATCCGGCGGTTCGAGGAGGAAGATGAGCATGAAGCGAAGAAGGGCTTTGAAGAAGAGTGCGGCCGCTTCTAATTATTTGTCCGATCGATCATCGGAGAAGCTTCCATCTCTGCCTGCTGATCGTAACCTCAATAACCTGCCTCTCAATGGAAGTGGTGAAGAAGCGTGGTTCGATCCTGCTGCTTCCCTGGAATCTGACTGGAGTGATGAAGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810902.1
MGACVSRPENCVGFKSGGSRRKMSMKRRRALKKSAAASNYLSDRSSEKLPSLPADRNLNNLPLNGSGEEAWFDPAASLESDWSDEDFQSIPDDVLSLSGLDGASTMSFASHRDTNQINGDVSVQHVSSFDHPEESCNGSSARNSVSVAAKSSVFPGASDLKLKSGELQSGTTPVFVDEISSSTGETAGGDDSILVNCGLLPNNCLPCLASTVHTDEKRRSLSSSPRKKAALKLPFKWKEGHPAAALFSSKAVLQRPIAGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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