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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004209

染色体: Chr05 坐标: 55971951-55975932 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004209
名称SmilChr05G004209
描述protein WVD2-like 7
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向55971951 - 55975932 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025260
GeneID131025260
locus_tag-
NCBI NameLOC131025260
原始查询SmilChr05G004209

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein WVD2-like 7
产物protein WVD2-like 7
ArabidopsisAT1G70100 (AT1G70100)
neurofilament heavy protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843346]
identity=31.1; qcov=1.16; evalue=1.73e-39; confidence=low
RiceOs01g0885300
-
identity=55.4; qcov=0.152; evalue=4.8e-15; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF06886 (TPX2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025260

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057810919.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057810919.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057810921.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057810919.1
5 Spindle Spindle 0.20000 XP_057810919.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:55972712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B46,B86,C24,D4
Chr5:55973565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:55973575 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 101 A10,A15,A19,A2,A21,A22,A25,A3,A7,A8,B10,B102,B103,B107,B109,B11,B110,B114,B117,B118,B119,B120,B122,B123,B125,B128,B13,B134,B138,B14,B16,B17,B18,B19,B22,B24,B26,B30,B31,B35,B37,B38,B40,B41,B44,B45,B46,B48,B5,B52,B53,B7,B70,B78,B8,B87,B93,B94,B99,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C17,C19,C24,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C35,C38,C4,C43,C46,C48,C53,C55,C56,C58,C6,C60,C63,C67,C69,C71,C72,C74,C8,C82,C84,D1,D10,D3,D7,D8,D9
Chr5:55973579 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 120 A1,A10,A14,A15,A19,A2,A21,A22,A23,A25,A3,A7,A8,B10,B102,B103,B107,B109,B11,B110,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B125,B128,B13,B132,B134,B138,B14,B16,B17,B18,B19,B22,B24,B26,B30,B31,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B48,B5,B52,B53,B54,B57,B64,B66,B69,B7,B70,B74,B78,B8,B87,B91,B93,B94,B99,C10,C11,C12,C14,C15,C17,C19,C20,C24,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C34,C35,C38,C39,C4,C43,C46,C53,C55,C56,C58,C6,C60,C63,C67,C69,C71,C72,C73,C74,C77,C78,C8,C82,C84,D1,D10,D3,D7,D8,D9
Chr5:55973703 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B44,B99
Chr5:55973703 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B44,B99
Chr5:55973758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:55973850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:55973892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B22,B37
Chr5:55973950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:55973996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B77
Chr5:55974066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810919.1
470 aa
N
1
235
470
TPX2
C
PF06886 TPX2 385-458 aa
XP_057810920.1
469 aa
N
1
234
469
TPX2
C
PF06886 TPX2 385-457 aa
XP_057810921.1
429 aa
N
1
214
429
TPX2
C
PF06886 TPX2 385-429 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810919.1 Pfam PF06886 TPX2 Domain 385 458 2.1e-21 76.3 Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain
XP_057810920.1 Pfam PF06886 TPX2 Domain 385 457 3.3e-22 79.0 Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain
XP_057810921.1 Pfam PF06886 TPX2 Domain 385 429 2.2e-07 31.5 Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954937.1
CTCTCTCTCTATCTCTCACTGCAAATGCAATGCATTCTTCTTCTGGTGGGGGCCTTCAAACCATCTCTATCTAAACCAGCATCATCATTATCTTCAATCTTGAAAGTCTTGTTGTTTTACTTCATAATATAATTATCTTTTTTAGGTACAATAGTTAATTAACTACCCAATTTTCTGTAATTTTTTTTTCTTACAACGTTAGCAACTCTTCACCGGACCCCCTTTTGCATGAACGAAATTATTATAAAAAGGATAAAAAA...
XM_057954936.1
TCTTCTGGTGGGGGCCTTCAAACCATCTCTATCTAAACCAGCATCATCATTATCTTCAATCTTGAAAGTCTTGTTGTTTTACTTCATAATATAATTATCTTTTTTAGGTACAATAGTTAATTAACTACCCAATTTTCTGTAATTTTTTTTTCTTACAACGTTAGCAACTCTTCACCGGACCCCCTTTTGCATGAACGAAATTATTATAAAAAGGATAAAAAAATCCAATCTTTTTGGCATTTTCACTGACCCTTTTCTGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131025260
ATGGGTGAATCTTTGGTTGAAATGCCAACTGCCGAGGAGAAGATGGATGAGTCGTTTAAGGCTAGTGGTGGATTGGATGTGTCTGTCTCATTTGGTAGATTTGAGAATGATGTTCTTTCATGGGAGAAGTGGTCGTCGTTTTCTCCGAACAAGTATTTGGAGGAAGTCGGGAGCCTCTCGACTCCCGGCTCAGTAGCTCAGAAGAAGGCCTATTTCGAGGCTCACTACAAGAAGATTGCTGCTCGGAAAGCTGAGGAGGA...
LOC131025260
ATGGGTGAATCTTTGGTTGAAATGCCAACTGCCGAGGAGAAGATGGATGAGTCGTTTAAGGCTAGTGGTGGATTGGATGTGTCTGTCTCATTTGGTAGATTTGAGAATGATGTTCTTTCATGGGAGAAGTGGTCGTCGTTTTCTCCGAACAAGTATTTGGAGGAAGTCGGGAGCCTCTCGACTCCCGGCTCAGTAGCTCAGAAGAAGGCCTATTTCGAGGCTCACTACAAGAAGATTGCTGCTCGGAAAGCTGAGGAGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057810919.1
MGESLVEMPTAEEKMDESFKASGGLDVSVSFGRFENDVLSWEKWSSFSPNKYLEEVGSLSTPGSVAQKKAYFEAHYKKIAARKAEEEEEEEEEKPMVPAARSLDESSNGDCVQSFDAELGPSFSNGERSVEAAAEAADASSGNEAKEDDGFDDSSKQESTTDGFLDGVREGEGKDAVELEPNAGVEAASCEADRPPGRPKGAKQTTPKSNARSVAQKAGSTRVQTKPLPSSTPKHFKAAPPPPPPASLVKRVNGSEAMAK...
XP_057810920.1
MGESLVEMPTAEEKMDESFKASGGLDVSVSFGRFENDVLSWEKWSSFSPNKYLEEVGSLSTPGSVAQKKAYFEAHYKKIAARKAEEEEEEEEEKPMVPAARSLDESSNGDCVQSFDAELGPSFSNGERSVEAAAEAADASSGNEAKEDDGFDDSSKQESTTDGFLDGVREGEGKDAVELEPNAGVEAASCEADRPPGRPKGAKQTTPKSNARSVAQKAGSTRVQTKPLPSSTPKHFKAAPPPPPPASLVKRVNGSEAMAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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