当前解析结果
SmilChr05G004212| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004212 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004212 |
| 描述 | protein JINGUBANG-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 56010469 - 56012328 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025263 |
|---|---|
| GeneID | 131025263 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025263 |
| 原始查询 | SmilChr05G004212 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein JINGUBANG-like |
| 产物 | protein JINGUBANG-like |
| Arabidopsis | AT1G24130 (AT1G24130)Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839025] identity=49; qcov=1.02; evalue=7.8e-126; confidence=high |
| Rice | Os02g0740900 (OsWD40-54)- identity=48.2; qcov=0.973; evalue=5.43e-116; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00400 (WD40) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025263 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057810923.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057810923.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810923.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057810923.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057810923.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:56010887 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr5:56011106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B100,B2,B24,D5 |
Chr5:56011155 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr5:56011238 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C20 |
Chr5:56011362 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B71,C37 |
Chr5:56011371 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr5:56011378 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr5:56011390 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C29,D2 |
Chr5:56011543 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr5:56011614 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr5:56011759 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C57 |
Chr5:56011759 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C57 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810923.1PF00400
WD40 68-102 aa
PF00400
WD40 208-241 aa
PF00400
WD40 254-283 aa
PF00400
WD40 294-329 aa
PF00400
WD40 346-376 aa
PF00400
WD40 385-439 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810923.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 68 | 102 | 9.9e-39 | 130.8 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057810923.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 208 | 241 | 9.9e-39 | 130.8 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057810923.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 254 | 283 | 9.9e-39 | 130.8 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057810923.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 294 | 329 | 9.9e-39 | 130.8 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057810923.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 346 | 376 | 9.9e-39 | 130.8 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057810923.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 385 | 439 | 9.9e-39 | 130.8 | WD domain, G-beta repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。