Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004228`

染色体: Chr05 坐标: 56107745-56108543 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004228`
名称	SmilChr05G004228
描述	MLP-like protein 423
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56107745 - 56108543 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025274`
GeneID	`131025274`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025274`
原始查询	`SmilChr05G004228`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MLP-like protein 423
产物	MLP-like protein 423
Arabidopsis	`AT1G24020` (MLP423) MLP-like protein 423 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839014] identity=44.2; qcov=0.974; evalue=2.8e-35; confidence=medium
Rice	`Os04g0465600` - identity=41.6; qcov=1.02; evalue=3.64e-34; confidence=medium
GO	GO:0006952 (defense response)
KEGG	-
Pfam	PF00407 (Bet_v_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025274

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057810955.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057810955.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057810955.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810955.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810955.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56107856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr5:56107913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr5:56107948`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B64,C1,C33,C47
`Chr5:56107948`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B64,C1,C33,C47
`Chr5:56107950`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B64,C1,C33,C47
`Chr5:56107950`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B64,C1,C33,C47
`Chr5:56107958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,A7,B14
`Chr5:56108156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:56108224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B95
`Chr5:56108299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810955.1

151 aa

151

Bet_v_1

PF00407 Bet_v_1 1-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810955.1`	Pfam	`PF00407`	Bet_v_1	Domain	1	150	2.2e-33	116.0	Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954972.1
CAGCATCACATTTTCTTTCTCAAAAAATTAAACACTAATTGCAACAATGGCTGTTTCCAAACTTGAACTAGATATTGAGTTGAAAACCTCAGCAGAAAAGCTATGGAAAAACCTAAAAGAATTCATTACATTCTTCCCCAAAGCTTTGCCACATATTTACGAAAAGATCGATGTGATCGAGGGTGACGGAAGTTCGGCCGGATCAATCTTCGTGTGTACTTTTAAGTCGCCAGAGATGGCCCCCACTAAGGAGAGGGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025274
ATGGCTGTTTCCAAACTTGAACTAGATATTGAGTTGAAAACCTCAGCAGAAAAGCTATGGAAAAACCTAAAAGAATTCATTACATTCTTCCCCAAAGCTTTGCCACATATTTACGAAAAGATCGATGTGATCGAGGGTGACGGAAGTTCGGCCGGATCAATCTTCGTGTGTACTTTTAAGTCGCCAGAGATGGCCCCCACTAAGGAGAGGGTTGAAATGGTGGATGAAGATAAGAAATTACTAAGTTACAGTTTTATCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810955.1
MAVSKLELDIELKTSAEKLWKNLKEFITFFPKALPHIYEKIDVIEGDGSSAGSIFVCTFKSPEMAPTKERVEMVDEDKKLLSYSFIEGEILKNYKSFKSMLCVSNSSKSDGALVKYSVEFEKANAEVGDPDFFKGFVAKIFEDMDTYLLKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器