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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004253

染色体: Chr05 坐标: 56323413-56326490 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004253
名称SmilChr05G004253
描述CRS2-associated factor 2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向56323413 - 56326490 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025299
GeneID131025299
locus_tag-
NCBI NameLOC131025299
原始查询SmilChr05G004253

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CRS2-associated factor 2, chloroplastic
产物CRS2-associated factor 2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G23400 (CAF2)
RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838948]
identity=54.5; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0323300
-
identity=51; qcov=1.1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000373 (Group II intron splicing); GO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF01985 (CRS1_YhbY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025299

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057810992.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057810992.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810992.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810992.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810992.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:56323537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B84,C26,C45
Chr5:56323690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,D9
Chr5:56323861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C63
Chr5:56324014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr5:56324711 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 13 B104,B110,B119,B133,B137,B22,B81,B86,C25,C79,D10,D4,D9
Chr5:56324728 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B131,C40,D9
Chr5:56324728 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 B131,C40,D9
Chr5:56324732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:56324908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B105,B127,B80
Chr5:56324915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,D10
Chr5:56324963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:56324971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B23,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810992.1
566 aa
N
1
283
566
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 241-302 aa PF01985 CRS1_YhbY 337-420 aa
XP_057810993.1
544 aa
N
1
272
544
CRS1_YhbY
CRS1_YhbY
C
PF01985 CRS1_YhbY 197-280 aa PF01985 CRS1_YhbY 315-398 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810992.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 241 302 2.8e-27 95.6 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057810992.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 337 420 2.8e-27 95.6 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057810993.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 197 280 7e-32 110.3 CRS1 / YhbY (CRM) domain
XP_057810993.1 Pfam PF01985 CRS1_YhbY Domain 315 398 7e-32 110.3 CRS1 / YhbY (CRM) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955010.1
TCCTCAAAATTATCTCTGCAACTTATCTTCTTCACATTTTCTCAGCAGAAAACACAAAATCATACATTTCCATGGCGATTCTCGCATCACTCCCAAATCCAAACCTATTCTCATCCCTCCCCACCACCCCACCACCCTCCGCCCCCTCCCCGCCCCCCAAACCCCCAATTCCACCCCCCAAATACCCTCCGCCTTTAAAATCCCAGCGCCGCCAAAACCCAGACCCTTCCACCAACCCCGCCTTCACCGCCCACCACCGC...
XM_057955009.1
AAATCATACATTTCCATGGCGATTCTCGCATCACTCCCAAATCCAAACCTATTCTCATCCCTCCCCACCACCCCACCACCCTCCGCCCCCTCCCCGCCCCCCAAACCCCCAATTCCACCCCCCAAATACCCTCCGCCTTTAAAATCCCAGCGCCGCCAAAACCCAGACCCTTCCACCAACCCCGCCTTCACCGCCCACCACCGCAGCTCCAAATACTACAAGCCCGTCAAGCCCGGCCAGAAAATCCAACCCGACAACGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131025299
ATGGCGATTCTCGCATCACTCCCAAATCCAAACCTATTCTCATCCCTCCCCACCACCCCACCACCCTCCGCCCCCTCCCCGCCCCCCAAACCCCCAATTCCACCCCCCAAATACCCTCCGCCTTTAAAATCCCAGCGCCGCCAAAACCCAGACCCTTCCACCAACCCCGCCTTCACCGCCCACCACCGCAGCTCCAAATACTACAAGCCCGTCAAGCCCGGCCAGAAAATCCAACCCGACAACGACGACCGCGCCGTCAT...
LOC131025299
ATGGCGATTCTCGCATCACTCCCAAATCCAAACCTATTCTCATCCCTCCCCACCACCCCACCACCCTCCGCCCCCTCCCCGCCCCCCAAACCCCCAATTCCACCCCCCAAATACCCTCCGCCTTTAAAATCCCAGCGCCGCCAAAACCCAGACCCTTCCACCAACCCCGCCTTCACCGCCCACCACCGCAGCTCCAAATACTACAAGCCCGTCAAGCCCGGCCAGAAAATCCAACCCGACAACGACGACCGCGCCGTCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810992.1
MAILASLPNPNLFSSLPTTPPPSAPSPPPKPPIPPPKYPPPLKSQRRQNPDPSTNPAFTAHHRSSKYYKPVKPGQKIQPDNDDRAVIVGHSGISYHLPGAPFEFMYSYSETPKAQPLAMREPAFLPFAPPTMPRPWTGKAPMKKSKRNIKLFEPLGGGGGDENPNENMWSKRYEMLRGYEMGKFNVRPRKEVLGAPLRREEIREMVKPLLSSNKQLLCFSFLKVAFLDYPSGIMSFCFDFSRDGLTHNMLELIHTHWRRQ...
XP_057810993.1
MAILASLPNPNLFSSLPTTPPPSAPSPPPKPPIPPPKYPPPLKSQRRQNPDPSTNPAFTAHHRSSKYYKPVKPGQKIQPDNDDRAVIVGHSGISYHLPGAPFEFMYSYSETPKAQPLAMREPAFLPFAPPTMPRPWTGKAPMKKSKRNIKLFEPLGGGGGDENPNENMWSKRYEMLRGYEMGKFNVRPRKEVLGAPLRREEIREMVKPLLSSNKQVNLGRDGLTHNMLELIHTHWRRQPVCKVRCLGVPTVDMDNLCRCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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