Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004267`

染色体: Chr05 坐标: 56456261-56459762 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004267`
名称	SmilChr05G004267
描述	uncharacterized SmilChr05G004267
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56456261 - 56459762 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025313`
GeneID	`131025313`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025313`
原始查询	`SmilChr05G004267`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837617]; symbol=AT1G10740; hit=AT1G10740; species=arabidopsis; confidence=high
产物	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837617]; symbol=AT1G10740; hit=AT1G10740; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G10740` (AT1G10740) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837617] identity=76.4; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0408300` - identity=71.6; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF24708 (Lip_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057811025.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057811025.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057811025.1`
4	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057811025.1`
5	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057811025.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56457086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,C51
`Chr5:56457221`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C79
`Chr5:56457520`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B124,B7
`Chr5:56457711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B61,B88
`Chr5:56457743`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr5:56457986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B4,C28,C59
`Chr5:56458128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,B48,B77
`Chr5:56458152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B62
`Chr5:56458170`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr5:56458194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B61,B88
`Chr5:56458819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C39
`Chr5:56458903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B129,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811025.1

468 aa

234

468

Lip_C

PF24708 Lip_C 79-191 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811025.1`	Pfam	`PF24708`	Lip_C	Domain	79	191	1.3e-23	84.1	Lipase-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955042.1
TATTGATTCAATCGAAACTCCTAGAATCTTGTCTACACTCTCACCTAATCCGGATTCCAAACTAATTTAAAAACTCTTAATTAACTCTTAATTACACATTAATTCCTTGTTTAGCAATGTGAGCCACCATTTTCCCGCTGACGTGGCGCCCTAAAAATTCAATCTTTTTTCCCCCTCAGATTCTTCGCCATAATCCCAATCACTAATCTTGGATTATCTAATTGCCTGTGTTGAAGAATCTTGTCTTGTTTTCCTATTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025313
ATGAGAGAGGGAGAGAGGATGTTTAGGTGGTGGACATCAGCCCTCCAACTGTTGGAGCTGTGTGTGAGCTCCTTGGTGCATTTGCTGTTTGGATTCTACATTTTTAGCACGGCTGTGGCTGGCGATCTCTCGCAAACGATAAATGATTTGTTTTTCAAGCCTAATTTGGCTAGTGGCTTGCAAAGCGATGAGGTTGAGAAGCAGAAATCCACCACTTCTTCCGATGATTTGCCTCCAATTGTGCTAGTTCATGGCATCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811025.1
MREGERMFRWWTSALQLLELCVSSLVHLLFGFYIFSTAVAGDLSQTINDLFFKPNLASGLQSDEVEKQKSTTSSDDLPPIVLVHGIFGFGKGKLGGLSYFAGAEKKDERVLVPDLGSLTSIYDRARELFYYLKGGQVDYGEEHSKACGHTQFGRVYEKGHYPEWDEDHPIHFVGHSAGGQVVRVLQQMLADKAFKGYENTSPNWVLSITSLSGAFNGTTRAYLDGIQPEDGKSLKPVCLLQLCRIGVILYDWFDIPWLKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器