Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004270`

染色体: Chr05 坐标: 56474280-56476087 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004270`
名称	SmilChr05G004270
描述	peroxidase 5-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56474280 - 56476087 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025312`
GeneID	`131025312`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025312`
原始查询	`SmilChr05G004270`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peroxidase 5-like
产物	peroxidase 5-like
Arabidopsis	`AT4G11290` (AT4G11290) Peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826731] identity=40.9; qcov=0.641; evalue=1.35e-70; confidence=medium
Rice	`Os06g0472900` (prx79) - identity=42.9; qcov=0.651; evalue=4.37e-73; confidence=medium
GO	GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGG	smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00141 (peroxidase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025312

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057811024.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057811024.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811024.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811024.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811024.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56474359`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C51,C60,D4
`Chr5:56474372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,B91
`Chr5:56474374`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	15	A15,B103,B11,B110,B120,B25,B31,B55,B7,C18,C40,C41,C7,C83,D3
`Chr5:56474377`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	15	A15,B103,B11,B110,B120,B25,B31,B55,B7,C18,C40,C41,C7,C83,D3
`Chr5:56474402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr5:56474431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr5:56474446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,B91,D10
`Chr5:56474454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr5:56474500`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr5:56474533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B102,B134,B22,C7
`Chr5:56474549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr5:56474578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B48,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811024.1

473 aa

236

473

peroxidase

PF00141 peroxidase 195-436 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811024.1`	Pfam	`PF00141`	peroxidase	Domain	195	436	3.8e-68	230.5	Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955041.1
ATTACCAACATGCATTCATCATGCCTCAATCCACCTTTTTTTTCACCAAAAAAATTTAACTTAATAAAATGATGGCATCCAGAATAGGAATCCTCACACTAGCATTCCTTTCCTATGCAATGCTGGCATCCGGATTCTTCCTTCATATCCCCGGGCATCACAGGCCGGGCCACGGCGTTAGGCATCATCACGCACGTGATCACCGAGTTTTTGATGCTCCGGAGCATCGCTTCAGGCATCATGCACGTGATCACCGAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025312
ATGATGGCATCCAGAATAGGAATCCTCACACTAGCATTCCTTTCCTATGCAATGCTGGCATCCGGATTCTTCCTTCATATCCCCGGGCATCACAGGCCGGGCCACGGCGTTAGGCATCATCACGCACGTGATCACCGAGTTTTTGATGCTCCGGAGCATCGCTTCAGGCATCATGCACGTGATCACCGAGTCTTTGATGCTCCGGAGCATCGCGATTTTATGCACCCTCCCGAAGACGATCGAGTTTTCGAAGTTCAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811024.1
MMASRIGILTLAFLSYAMLASGFFLHIPGHHRPGHGVRHHHARDHRVFDAPEHRFRHHARDHRVFDAPEHRDFMHPPEDDRVFEVQEQQRGHRGHGKEDGSVDSLQPRANEAEPENEPVFPVQDPNSKPVQEHEPKPVQEPDNEPVHELNNKPVQEHEPKPMQEPENKPVQGPGKGGLREMFYEQSCPEAEKIVNMTIHKHFLKDPTYAAGFVRLFFHDCYVTGCDGSILLDTTPTGEEVEKKARHNGPLVRGFQVVDDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器