Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004286`

染色体: Chr05 坐标: 56642595-56646209 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004286`
名称	SmilChr05G004286
描述	BTB/POZ domain-containing protein At1g67900-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56642595 - 56646209 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025339`
GeneID	`131025339`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025339`
原始查询	`SmilChr05G004286`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BTB/POZ domain-containing protein At1g67900-like
产物	BTB/POZ domain-containing protein At1g67900-like
Arabidopsis	`AT1G67900` (AT1G67900) Phototropic-responsive NPH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843118] identity=60.4; qcov=1.11; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0477000` - identity=42; qcov=1.12; evalue=9.96e-160; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03000 (NPH3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025339

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811049.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811049.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057811049.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811049.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811049.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56643514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B107,B37,C35,D7
`Chr5:56643519`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B47,C74
`Chr5:56644021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B48,B77,D4
`Chr5:56644029`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C17
`Chr5:56644030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C17
`Chr5:56644052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr5:56644071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,A25,B140,C23
`Chr5:56644108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B127,B27,B87,C25
`Chr5:56644153`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr5:56644156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B127,B27,B87,C25
`Chr5:56644265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr5:56644300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,C33,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811049.1

575 aa

288

575

NPH3

PF03000 NPH3 208-482 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811049.1`	Pfam	`PF03000`	NPH3	Family	208	482	1.7e-89	300.6	NPH3 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955066.1
TGAGGAAAAACAGCCACCAGAGAATGATTGTGTGAACCAAAAACAACAACCTTAAAAATATTTTTCACGATCAATCAAATTTATGCATTTTCATATAATCTTACTGCATAAGGCGTGACACAAAATTTGATCTTTTTTTTTTTTAATCTTTTGATGGGATGTAGATTCTTTTTATTGTTTCTCATGTCCATGTCAATTTGGGTAGAGAATTTGACTGAGGTGACATGAAATTTGTGGAGTGGTTTGATTATCTGGACTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025339
ATGAAGTTCATGAAGCTGGGATCTCGGCCAGATACATTCTACACTACAGAGGCTGTGAGGTCTGTTTCATCTGATGTTTCAAGTGATCTTATAGTCCAAGTAAAAGGGAGCAGATATTTACTCCATAAGTTTCCCCTGCTATCCAAATGTCTTCGCCTGCAGAGGCTGTATGCAGAGAGCCCCGAGGCCGAGGTCTCGGAGCTCCAGCTGATCAAGCTCCACGACTTCCCCGGAGGCGTGGAGGCCTTCGAGCTCTGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811049.1
MKFMKLGSRPDTFYTTEAVRSVSSDVSSDLIVQVKGSRYLLHKFPLLSKCLRLQRLYAESPEAEVSELQLIKLHDFPGGVEAFELCAKFCYGITITLSAFNIVSIRCAAEYLQMTEDVEKGNLIYKVEVFLNSCILHGWRDSLVTLQTTKAFPLVSEEVGVTGRCIEAVASRVLAHPEKVGLAYSRGGRDELSSNGSESHHRHRAKGWWGEDLAELGIDLYWRVMAAIKTGGKVPPRLVGDALRAYASRWLPNLGEADGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器