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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004292

染色体: Chr05 坐标: 56674063-56676658 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004292
名称SmilChr05G004292
描述probable protein arginine N-methyltransferase 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向56674063 - 56676658 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025342
GeneID131025342
locus_tag-
NCBI NameLOC131025342
原始查询SmilChr05G004292

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable protein arginine N-methyltransferase 1
产物probable protein arginine N-methyltransferase 1
ArabidopsisAT4G29510 (PRMT11)
arginine methyltransferase 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829072]
identity=76.9; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0359800 (OsPRMT1)
-
identity=72.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016274 (protein-arginine N-methyltransferase activity); GO:0018216 (peptidyl-arginine methylation)
KEGG-
PfamPF06325 (PrmA); PF08241 (Methyltransf_11); PF13649 (Methyltransf_25); PF22528 (PRMT_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025342

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811054.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811054.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057811054.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057811055.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811054.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:56674256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B112
Chr5:56674280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr5:56674333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr5:56674367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr5:56674566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:56675842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B71,C58,C62,C78,C8
Chr5:56675852 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr5:56676212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B61,B88,C43
Chr5:56676272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B61,B88,C43
Chr5:56676374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B138,B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811054.1
386 aa
N
1
193
386
PrmA
Methyltransf_25
Methyltransf_11
PRMT_C
C
PF06325 PrmA 102-177 aa PF13649 Methyltransf_25 107-195 aa PF08241 Methyltransf_11 108-206 aa PF22528 PRMT_C 209-373 aa
XP_057811055.1
386 aa
N
1
193
386
PrmA
Methyltransf_25
Methyltransf_11
PRMT_C
C
PF06325 PrmA 102-177 aa PF13649 Methyltransf_25 107-195 aa PF08241 Methyltransf_11 108-206 aa PF22528 PRMT_C 209-373 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811054.1 Pfam PF06325 PrmA Family 102 177 5.7e-10 39.9 Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA)
XP_057811054.1 Pfam PF13649 Methyltransf_25 Domain 107 195 1.9e-08 35.6 Methyltransferase domain
XP_057811054.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 108 206 1.3e-07 32.8 Methyltransferase domain
XP_057811054.1 Pfam PF22528 PRMT_C Domain 209 373 3e-59 200.4 Arginine methyltransferase oligomerization subdomain
XP_057811055.1 Pfam PF06325 PrmA Family 102 177 8.5e-10 39.3 Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA)
XP_057811055.1 Pfam PF13649 Methyltransf_25 Domain 107 195 2e-08 35.5 Methyltransferase domain
XP_057811055.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 108 206 1.4e-07 32.8 Methyltransferase domain
XP_057811055.1 Pfam PF22528 PRMT_C Domain 209 373 3.1e-59 200.3 Arginine methyltransferase oligomerization subdomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955072.1
AGGCGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAGCAGAAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGAAAAGAAAAGGAAAGCAGATATTTGGAGAGATTAAATAGAGAAGAGGAACATAAACCCTAATTCTGCTTCCAGCCACTCAATTCTCACACTCCTCCCCCTCTCTAAAACCCTACTTCCCAACCTCCGAAATCCCAACGCCTCAAATTTCGCTTCACTCTTACTTTTCGGATTATCGGAGCAAAACCATGGATGTAGAAAACAA...
XM_057955071.1
ATAGAGAAGAGGAACATAAACCCTAATTCTGCTTCCAGCCACTCAATTCTCACACTCCTCCCCCTCTCTAAAACCCTACTTCCCAACCTCCGAAATCCCAACGCCTCAAATTTCGCTTCACTCTTACTTTTCGGATTATCGGAGCAAAACCATGGATGTAGAAAACAACGTCGATGCGAATGCCAGCGGAAGCTTGGCCGCCACAAAGATCAGGTTCCAATACGATGAGGACGAAGAAGCTGAAACCATCGAGCAAGTAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131025342
ATGGATGTAGAAAACAACGTCGATGCGAATGCCAGCGGAAGCTTGGCCGCCACAAAGATCAGGTTCCAATACGATGAGGACGAAGAAGCTGAAACCATCGAGCAAGTAGCTGCCGAGAGCTCGAATCTTGATGAGGATTCCACCATGTGCGAGCGGGAGGAATCCTTGGTCACTGGGGATGATAAGACCAGCGCTGATTACTACTTCGATTCCTACTCGCACTTTGGCATTCATGAAGAAATGTTGAAGGATGTGATTAG...
LOC131025342
ATGGATGTAGAAAACAACGTCGATGCGAATGCCAGCGGAAGCTTGGCCGCCACAAAGATCAGGTTCCAATACGATGAGGACGAAGAAGCTGAAACCATCGAGCAAGTAGCTGCCGAGAGCTCGAATCTTGATGAGGATTCCACCATGTGCGAGCGGGAGGAATCCTTGGTCACTGGGGATGATAAGACCAGCGCTGATTACTACTTCGATTCCTACTCGCACTTTGGTAATTATTTCGAAATGTTGAAGGATGTGATTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057811054.1
MDVENNVDANASGSLAATKIRFQYDEDEEAETIEQVAAESSNLDEDSTMCEREESLVTGDDKTSADYYFDSYSHFGIHEEMLKDVIRTKTYQNVIYKNSFLFKDKIVLDVGAGTGILSLFCAKVGAKHVYAVECSSMANTAEEIVKLNGYSNVVTVLKGKIEEIELPVAQVDVIISEWMGYFLVYENMLDTVLYARDKWLAKDGIVLPDKASLHLTAIEDADYKEDKIEFWNNVYGFNMSCIRKQAIAEPLVDTVEQNQI...
XP_057811055.1
MDVENNVDANASGSLAATKIRFQYDEDEEAETIEQVAAESSNLDEDSTMCEREESLVTGDDKTSADYYFDSYSHFGNYFEMLKDVIRTKTYQNVIYKNSFLFKDKIVLDVGAGTGILSLFCAKVGAKHVYAVECSSMANTAEEIVKLNGYSNVVTVLKGKIEEIELPVAQVDVIISEWMGYFLVYENMLDTVLYARDKWLAKDGIVLPDKASLHLTAIEDADYKEDKIEFWNNVYGFNMSCIRKQAIAEPLVDTVEQNQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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