Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004297`

染色体: Chr05 坐标: 56691114-56693287 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004297`
名称	SmilChr05G004297
描述	sufE-like protein 2, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56691114 - 56693287 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025348`
GeneID	`131025348`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025348`
原始查询	`SmilChr05G004297`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sufE-like protein 2, chloroplastic
产物	sufE-like protein 2%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G67810` (SUFE2) sulfur E2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843107] identity=65.2; qcov=0.556; evalue=8.81e-61; confidence=medium
Rice	`Os12g0290150` (QS) - identity=50.8; qcov=0.524; evalue=7.13e-25; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02657 (SufE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057811061.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057811061.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811061.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811061.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811061.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56692379`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811061.1

248 aa

124

248

SufE

PF02657 SufE 90-211 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811061.1`	Pfam	`PF02657`	SufE	Domain	90	211	3.6e-29	101.8	Fe-S metabolism associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955078.1
TTTTGCCGCCTTCTATGGTGCAAACGGAAGTATAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAAAGCAATTCCGCAGTTCGAGGATCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCTCTCCCTCTCTCCTCTCCCTCTCTCTCACTCTCAACTAACTAACTTCAACGGTTTACACTCGCAGAAACCCACACAGAAAAATGGGATCTTTCACAGTAAGAACACACCTCTCTCCATCTCCGCCATTCTTCTTCACAAACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025348
ATGGGATCTTTCACAGTAAGAACACACCTCTCTCCATCTCCGCCATTCTTCTTCACAAACCCAGTAAAAAATTTCATGGACGCAGCAGGCCCCTCACACATCCACCTCAATCCGCAAAGACCCATCTTCAAGAACCCCCCAATTTCGCGATTCCCCTCCGATCCCACCTCGAAAAATCCAGCCTTTCCGCTCTCCTGCGTCACAATCCACCGCTGCGCCAAGGTACAACCGCCCTCAAGCGTGTCGGAGAGGCTGCAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811061.1
MGSFTVRTHLSPSPPFFFTNPVKNFMDAAGPSHIHLNPQRPIFKNPPISRFPSDPTSKNPAFPLSCVTIHRCAKVQPPSSVSERLQRLGLEFRSLPAPIDRVKRLLHYAAILPPFDEARRVQENRVLGCTTQVWLEAAMDGNGAMRFRIDSDSEITKGFCSCLIWVLDGAAAEEVLSVRSDDLAAMNVGLPSRGNSRVNAWNNVLVSMQRRTEVLVEERRRGGFGHVSSFICCNQTQMPRGVAVRELS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器