Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004313`

染色体: Chr05 坐标: 56807569-56810137 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004313`
名称	SmilChr05G004313
描述	vignain-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	56807569 - 56810137 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025364`
GeneID	`131025364`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025364`
原始查询	`SmilChr05G004313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vignain-like
产物	vignain-like
Arabidopsis	`AT5G50260` (CEP1) Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835091] identity=63.9; qcov=1.01; evalue=4e-174; confidence=high
Rice	`Os08g0556900` (CP) - identity=63.1; qcov=0.939; evalue=6.86e-155; confidence=high
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0005615 (GO:0005615); GO:0005764 (lysosome); GO:0051603 (GO:0051603)
KEGG	-
Pfam	PF00112 (Peptidase_C1); PF08246 (Inhibitor_I29)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057811078.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811078.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811078.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811078.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811078.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:56807833`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr5:56807964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:56807971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C10,C6
`Chr5:56808010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C21,D11
`Chr5:56808029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B24,B28,D5
`Chr5:56808037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C10,C6
`Chr5:56808115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr5:56808139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:56808161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr5:56808162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,B63
`Chr5:56808174`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B98,C2,C60
`Chr5:56808174`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B98,C2,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811078.1

361 aa

180

361

Inhibitor_I29

Peptidase_C1

PF08246 Inhibitor_I29 41-97 aa PF00112 Peptidase_C1 128-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811078.1`	Pfam	`PF08246`	Inhibitor_I29	Domain	41	97	2.7e-12	47.5	Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)
`XP_057811078.1`	Pfam	`PF00112`	Peptidase_C1	Domain	128	343	8.3e-82	275.2	Papain family cysteine protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955095.1
TTTTTGCAGAACAAACTAAACAAACACATCATGATTATCATGTTAAGCAGCCATATCATCTCATCAAAGCTAACTCCCCTCCAAAAATAGCCACCTTTTCCCCTTAACTTTATCCACAAAAAAAAAAAAAGGCATGCAGGTATGAAATCAAATCCTAGCTCCATATATACATGCCATTTCCCATCAACAAATTCTCAAACTCCATTTCTTGATTTCAAAAAAAAGAAAAAAAAATATCATGGTGATACCAAGGTTTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025364
ATGGTGATACCAAGGTTTCTCTTGCTCTCAATTCTCATTATTGCCTCTGTTTCCACCTTTGCAAACTGCATAGACTTCACTGAAAAAGACCTAAGCTCCGATGAGAGCTTGTGGGACTTGTACCAAAGGTGGCGGAGCCACCACGCCGTCTCCCCCCGCAATCTGGAGGAGACACGGAGGCGTTTCAACGTGTTCAAGGCCAACGCGCAACACATCCACGCCGTGAACGAGATGGGCAAGCCTTACAAGCTGAGGCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811078.1
MVIPRFLLLSILIIASVSTFANCIDFTEKDLSSDESLWDLYQRWRSHHAVSPRNLEETRRRFNVFKANAQHIHAVNEMGKPYKLRLNRYADMTNHEFRASYASKIKHHRMLRGSRASTGFMHEAAGDLPASVDWRARGAVTGVKNQGDCGSCWAFSTVVGVEGINKIRTGQLVSLSEQELVDCEQDNKGCDGGLMQHAFEFIKKQGGLATETFYPYRATDGICDATKMNVPAVTIDGYENVPANDEDALMKAVANQPVSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器