当前解析结果
SmilChr05G004330| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004330 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004330 |
| 描述 | salutaridinol 7-O-acetyltransferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 56985591 - 56986052 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026174 |
|---|---|
| GeneID | 131026174 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026174 |
| 原始查询 | SmilChr05G004330 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | salutaridinol 7-O-acetyltransferase-like |
| 产物 | salutaridinol 7-O-acetyltransferase-like |
| Arabidopsis | AT1G24430 (AT1G24430)HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839059] identity=39.1; qcov=0.987; evalue=3.3e-29; confidence=medium |
| Rice | Os04g0500700 (OsHCT1)hydroxycinnamoyltransferase 1-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4336306] identity=29.4; qcov=1; evalue=5.78e-13; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02458 (Transferase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026174 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811928.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057811928.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057811928.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811928.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811928.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:56985605 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr5:56985636 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,C15 |
Chr5:56985655 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B66,B93,C10,C15,C46 |
Chr5:56985673 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 101 | A1,A13,A14,A2,A20,A23,A25,A3,A5,A9,B1,B10,B103,B105,B110,B112,B118,B119,B125,B127,B128,B13,B131,B133,B135,B138,B139,B14,B18,B2,B23,B24,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B38,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B52,B56,B58,B59,B60,B7,B74,B79,B80,B84,B85,B86,B87,B89,B91,B92,B93,B96,B99,C1,C10,C11,C15,C16,C19,C2,C20,C23,C24,C33,C34,C38,C39,C4,C47,C53,C55,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C70,C75,C78,C81,C84,C9,D11,D2,D6,D7,D9 |
Chr5:56985675 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 104 | A1,A13,A14,A2,A20,A23,A25,A3,A5,A9,B1,B10,B102,B103,B105,B110,B112,B118,B119,B125,B127,B128,B13,B131,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B18,B2,B23,B24,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B38,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B52,B56,B58,B59,B60,B7,B74,B79,B80,B84,B85,B86,B87,B89,B91,B92,B93,B96,B99,C1,C10,C11,C15,C16,C19,C2,C20,C23,C24,C33,C34,C38,C39,C4,C46,C47,C53,C55,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C70,C75,C78,C81,C84,C9,D11,D2,D6,D7,D9 |
Chr5:56985719 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,C2,C73,C8 |
Chr5:56985739 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A10,B10,B138,B2,B3,B56,B70,B80,B96,C25,D1 |
Chr5:56985743 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | A6,B10,C2,C73,D6 |
Chr5:56985743 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | A6,B10,C2,C73,D6 |
Chr5:56985759 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B125,B139,B31 |
Chr5:56985759 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B125,B139,B31 |
Chr5:56985761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B131,B93,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811928.1PF02458
Transferase 5-146 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811928.1 |
Pfam | PF02458 |
Transferase | Family | 5 | 146 | 1.1e-22 | 81.0 | Transferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。